10x Genomics Xenium组织空间原位分析技术
空间组学技术能够获取组织切片上不同位置细胞中的转录组数据,解析转录本在组织的不同空间位置的表达特征。目前10x Genomics的Visium技术是较为主流的商业化空间转录组技术,其发文量也最多。但是 Visium技术的局限性在于检测分辨率不是真正意义上的单细胞水平,而是检测芯片上单个spot(55um,通常包含5-10个细胞)中的基因表达的信息。
随着研究热度的持续高涨,针对空间组学研究的技术和仪器近年来也在不断推陈出新,这进一步促进了研究的发展。欧易生物持续关注最前沿技术进展,在此重磅推出空间组学研究最新解决方案——Xenium单细胞/亚细胞空间原位分析技术!与Visium相比,该技术在很大程度上提高了空间上的分辨率,能够原位捕获RNA及蛋白分子在单细胞/亚细胞水平的表达信息。
技术优势
高灵敏性、高特异性:独特的挂锁式探针设计,增强了检测的灵敏性和特异性
高分辨率:结合原位显微成像的方法,实现亚细胞水平的原位基因表达分析,大大提高了空间组学分辨率
高通量:Xenium载玻片的成像区域大小为12mm x 24mm,一次上机可并行检测两张玻片;满足横截面较大组织研究需求的同时,也可以在一张玻片上检测多张组织切片(2-3张)
高灵活性:多种预制Panel可选,也可添加定制1-100个靶基因,满足特定研究的个性化需求
高样本兼容性:能够识别短或高度降解的转录本,可兼容新鲜冷冻样本(FF),福尔马林固定石蜡包埋样本(FFPE)及组织矩阵样品(TMA)等各类常见临床转化样品类型
非破坏性:Xenium的非破坏性分析能够在运行后保持组织形态完整性,可在同一张新鲜冷冻或FFPE切片上获得RNA、IF和形态学(H&E)信息,与组织病理学研究无缝整合
技术比较
10x visium | 10x xenium | |
技术原理 | 结合显微HE成像和测序技术,基于polyA捕获mRNA | 原位显微成像,基于带有荧光序列的探针捕获mRNA |
检测基因数 | 不需要先验知识可以进行无偏的转录本检测(~2万) | 检测靶RNA的信息(~500) |
分辨率 | 空间分辨率是100微米,不能达到单细胞的水平 | 光学分辨率是 0.2 微米,分辨率可以精确到单个细胞水平 |
组织兼容 | 都兼容新鲜冷冻组织(FF)和石蜡包埋组织(FFPE) | |
是否需要单细胞数据 | 需要结合单细胞(提供单细胞分辨率) | 建议结合单细胞(提供基因检测通量) |
样本要求
样本类型 | 样本准备(仅限人和小鼠样本) | 运送条件 |
石蜡块 | 常规石蜡包埋方法,保存年限不超过5年,固定时长不超过24小时 | 务必固定在石蜡的包埋盒内,多个石蜡块为防止相互磕碰,需要独立包装,可采用气泡膜、锡纸、玻片盒等保护方式,最终放入一大塑料袋中统一冰袋寄送 |
OCT冰冻包埋样本 | 同空间转录组新鲜冰冻样本的包埋方式,采用干冰速冻 | 埋没在干冰中,干冰量根据每天 4 公斤来计算,使用厚实的泡沫箱寄送 |
小贴士:正式实验前我们会通过RNA抽提,切片HE染色确认样本质量。(详见Xenium 组织空间原位分析技术 样本准备指南) |