单细胞免疫组库（VDJ）

 

 

10x Genomics 单细胞及免疫组库测序

 

目前Chromium™单细胞V(D)J解决方案已升级,升级后的解决方案（Chromium Single Cell 5'Solution）一个样本可同时获得单细胞基因5'表达谱、T细胞受体和B细胞免疫球蛋白库的信息.可以结合基因的表达谱和V(D)J数据进行复杂组织样本的适应性免疫应答分析监测免疫疗法的效果，研究复杂的自身免疫性疾病、传染性疾病和其它免疫疾病。

 

图 | (D)J重组产生TCR/BCR多样性

 

 

 
 
技术优势
 
（1）可以拼接获得V(D)J区域全长信息；
（2）没有V-和J-特异性引物，避免了复杂的多重PCR的偏好性问题；
（3）在获得每个细胞V(D)J信息的同时，可以同时获得T细胞和B细胞的转录谱信息。
 
 

 

 

实验流程

 

 

Chromium Single Cell 5' Solution实验流程

 

Chromium Single Cell 5' Solution和Chromium Single Cell 3' Solution的主要区别在于凝胶珠上的引物序列有所不同
这种不同，使得Chromium Single Cell 3' Solution可以捕获mRNA的3' 端进行转录组测序
Chromium Single Cell 5' Solution可以捕获mRNA的5'端进行转录组测序并进行T细胞和B细胞的免疫组库测序
详细的5' cDNA建库及TCR/BCR V(D)J片段特异性扩增细节如下图所示

 

5' cDNA建库及TCR/BCR片段特异性扩增细节示意图
 
如上图所示，将cDNA一份为二（如果同时做TCR和BCR的话则为三），分别构建5' 基因表达文库和TCR（BCR）V(D)J文库。
 
5'单细胞表达谱和V(D)J免疫组库实验流程

 

上图是Chromium Single Cell 5' Solution的整体工作流程。加入样本产生单细胞油包水结构，反转录成cDNA后，选择不同的研究目的进行文库构建：5'基因表达文库、TCR的V(D)J文库或和BCR的V(D)J文库。

  

 

 

5' 单细胞表达谱和V(D)J免疫组文库比较

 

5' 单细胞表达谱和V(D)J免疫组测序参数比较

 

 

  

样本要求

 

（1）样品总量：制备成细胞悬浮液，一个样本的细胞起始量需大于1x10 5个；
（2）样品浓度：最终上样前细胞浓度在700 - 1,200 cells / μL；
（3）细胞活性：活细胞数目在85 %以上；
（4）细胞大小：直径小于40 μm；
（5）细胞培养基及缓冲液不能含有Ca 2+和Mg 2+等影响酶活性的物质；
（6）组织需解离成单细胞悬液
（7）提供细胞悬液中目标细胞（T细胞或B细胞）的数目比例 

  

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