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如何才能设计一个“完美”的空间转录组学课题?

背景介绍

空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术,与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比,空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失,使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。

 

正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点,近年来关于空间转录组无论是在技术开发,还是大规模应用或商业化,都得到蓬勃发展。例如2019年4月,Science发文通过空间转录组揭示ALS(肌萎缩侧索硬化症,又称渐冻症)分子病理的时空动态(下图A)[1];2019年8月,Nature在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据(下图B) [2];2020年9月,Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞癌的文章(下图C) [3];2021年1月,Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq(下图D) [4];2021年4月,10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案(下图E) [5]
 


 

探究目的

虽然紧跟研究热点在某些时候可能会有利于发表高分文章,但是小编希望各位老师在心动空间转录组的同时,仔细考虑下面几点——

  1. 只听名字就想尝试,不清楚空间转录组的原理及通过该技术究竟能拿到什么结果;

  2. 不清楚空间转录组可以解决哪些生物学问题,没仔细思考如何将空间转录组合理的结合进自己的课题,花费高价做完项目后,可能还是一头雾水;

  3. 没有调研目前空间转录组已发表文章中涉及的组织范围,没有研究其他人是如何利用空间转录组发表高分文章,小心投稿被审稿人提出质疑。

 

别着急,针对这些问题,欧易生物特邀杨贤法老师于5月18日14:00-15:00为大家一一解答。

 

 讲师介绍

杨贤法老师出自优秀空间组学专家景乃禾研究团队,现任生物岛实验室副研究员,长期从事哺乳动物早期胚胎发育过程中胚胎空间模式建成的分子调控机制研究。近年来,以第一作者身份先后在国际知名学术期刊 《Cell Research》、《Journal of Molecular Cell Biology》等发表多篇研究性论文。相关研究课题先后获得国家自然科学基金委青年项目、科技部国家重点研发专项、广州市黄埔区精英人才计划等支持。

直播间:扫描海报二维码或点击“阅读全文”即可报名进入

 

5月18日14:00-15:00,欧易生物和杨贤法老师在丁香通直播间等你!

 

参考资料

[1] Maniatis S, Äijö T, Vickovic S, et al. Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis. Science. 2019;364(6435):89-93.

doi:10.1126/science.aav9776.

[2] Peng G, Suo S, Cui G, et al. Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo. Nature. 2019;572(7770):528-532. doi:10.1038/s41586-019-1469-8.

[3] Ji AL, Rubin AJ, Thrane K, et al. Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma. Cell. 2020;182(6):1661-1662. 

doi:10.1016/j.cell.2020.08.043.

[4] Alon S, Goodwin DR, Sinha A, et al. Expansion sequencing: Spatially precise in situ transcriptomics in intact biological systems. Science. 2021;371(6528):eaax2656.
doi:10.1126/science.aax2656.

[5] https://mp.weixin.qq.com/s/p3r6gM4IOimxgL0e1lQiAA.

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