合理的参考基因组版本对转录组项目分析尤为重要。随着高通量测序技术的发展，物种的参考基因组版本越来越多，那么，同一物种不同版本参考基因组该如何选择呢？今天小编来详细介绍一下在做特定物种的转录组测序前，如何进行参考基因组的查找和评估。
如何查找？
常用的数据库主要有NCBI、Ensembl和JGI三种数据库。下面我们以模式物种小鼠（Mus musculus）为例说明。
一、NCBI数据库
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国立卫生研究院（NIH）的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NCBI检索系统收录了许多基因序列和蛋白序列数据库。具体查找操作步骤如下：
1、打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov），选择下拉条目“Genome”并在搜索框中填写所需要查找基因组的物种（Mus musculus[orgn]）,点击搜索。
2、下图框定的内容为评估物种参考基因组需要的信息文件，点击即可下载。
二、Ensembl数据库
Ensembl是由 European Bioinformatics Institute（EBI）与Wellcome Trust Sanger Institute（WTSI）共同合作开发的数据库项目。涵盖大量物种的参考基因组信息，并且数据更新及时。具体查找操作步骤如下：
1、打开Ensembl（http://www.ensembl.org/index.html ）网站主页， 找到标注为“All genome”的物种选项。若物种为植物，则对应网站为Ensembl Plant（http://plants.ensembl.org/index.html）。
2、如图所示位置选择需要下载的物种。
3、下图框定的内容为评估物种参考基因组需要的信息文件，点击下载即可。
三、JGI数据库
部分植物和真菌基因组可在JGI数据库（https://genome.jgi.doe.gov/portal/）中查找。
四、其他数据库
1、GigaDB数据库（http://gigadb.org/#myCarousel）
2、国家基因组生命大数据库（https://db.cngb.org/）
3、plaBi数据库（https://www.plabipd.de/index.ep）
此数据库里面记录了已测序了的植物以及发表的文章。根据植物分类来查找具体发表的文献。
如何评估？
在掌握了参考基因组查找下载方法之后，接下来我们详细介绍下载后的参考基因组信息的评估方法。
一、组装指标
1、组装水平
以水稻（Oryza sativa）基因组为例，在首页下拉条目选择“Assembly”并在搜索框中填写物种名称进行搜索。跳转页面会出现不同版本基因组的组装水平，一般来说组装水平越接近染色体组装效果越好（Complete Genome > Chromosome > Scaffold > Contig）。
2、组装方法
对一条染色体进行测序，将测序得到的reads进行拼接，能够完全拼接起来，中间没有gap的序列称为contig。将测序得到的所有contig从大到小进行排列，当其长度达到染色体长度的一半时，这一条contig的长度就叫做contig N50。我们可以用这个数值评估序列组装质量，值越大，组装效果越好。2018年以来，随着Pacbio 和 Oxford Nanopore Technologies（ONT）新技术的兴起，大大提高了基因组组装质量。一般来说，运用以上两种技术组装出的基因组较好（contig N50 > 1Mb)。
二、GFF/GTF文件评估
GFF（general feature format）主要是用来注释基因组。而GTF（gene transfer format）主要是用来对基因进行注释。下载GFF/GTF文件，用Notepad软件（https://notepad-plus-plus.org/downloads/）打开。仔细检查GFF文件，若显示有exon和CDS信息，则基因组注释相对完全，可用于分析；若exon和CDS缺失，说明该基因组注释不完整，需等完整注释信息进一步完善后才可分析。
三、序列一致性评估
通过reads比到基因组上，验证reads对基因组的覆盖情况，用于评估组装的完整性以及测序的均匀性。较高的mapping rate（90%以上）认为组装结果和reads有比较好的一致性。如果物种仅有genome，没有transcript和GFF文件，表明只有基因组序列，无法做完整常规有参, 一般是先做基因组比对，比对率达到70%以上，基于比对到基因组上的序列进行转录本组装，对组装的转录本进行注释，定量，差异和富集分析。
以上为查找和评估的参考方法建议，项目执行以生信分析工程师综合评估版本为准。
文末彩蛋
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