二、关键发现：ARGs、质粒与噬菌体的宿主网络
1. 抗生素抗性基因（ARGs）的宿主分布
数量与类型：研究检测到1,137个ARGs，平均每个细胞携带0.9个拷贝，以多重耐药（0.3拷贝/细胞）、四环素（0.2拷贝/细胞）为主。
宿主偏好性：ARGs主要分布于变形菌门（Proteobacteria, 41.8%）和微小菌门（Patescibacteria, 14.2%），且32.8%的ARGs位于质粒上，凸显水平基因转移（HGT）的风险。
图 | 通过单细胞测序验证的ARGs宿主关系
2. 质粒：基因转移的“快递员”
活跃的HGT：10,450个质粒片段中，17.6%携带接合转移基因（如MOBQ、MOBP1）。质粒在变形菌门、厚壁菌门（Firmicutes_A）间频繁交换，甚至跨门转移（如Patescibacteria与蓝藻门）。
拷贝数差异：厚壁菌门平均携带4.7个质粒片段/细胞，显著高于其他类群。
图 | 通过单细胞测序验证的质粒宿主关系
3. 噬菌体：隐形的基因驱动者
主导类群：1,343个噬菌体序列中，91.4%属于有尾噬菌体目（Caudoviricetes）。
广谱感染：部分噬菌体可跨门感染宿主（如Patescibacteria的噬菌体同时感染变形菌门），可能加速ARGs传播。
图 | 通过单细胞测序验证的噬菌体宿主关系
