项目文章

组学发文快,就选16S+代谢

微生物组计划自2007年在欧美大陆兴起,各个国家和组织陆续开展各自的微生物组研究计划,十年间微生物组相关的研究文章也频频登上CNS杂志封面。


近几年,科学家在该研究领域成果斐然,基础研究、农业生产和临床转化方向均有突破。各类微生物组技术应用公司如雨后春笋般成立的同时,也获取资本的青睐并收获大笔融资,加速了微生物组技术的转化和应用。伴随着2020年度新冠疫情的爆发,全球各类机构针对微生物组学的研究热情空前高涨。

 

微生物组学研究技术种类繁多,大致可分为四类:传统分子生物学技术(如FISH、RFLP和SIP等)、测序技术(扩增子测序、宏基因组和宏转录组等)、质谱技术(宏蛋白组、宏代谢组等)和其他技术。当前基于单一组学技术已经很难满足科研工作者开展课题研究和冲刺较高档次SCI文章的需求,多组学技术已经成科研工作中的新宠儿。

 

然则多组学技术意味一份样本多份花费(实验成本),我的研究经费有限,怎么选择性价比更合适的多组学技术呢?组学技术实验周期长,数据挖掘困难,我对自己的研究进展很焦虑,有没有快速、低门槛的多组学技术呢?不妨按捺小情绪往下看,让小欧给您安利一条低成本、低门槛,却能快速产出SCI文章的多组学技术通道吧!

 


一、研究思路


以小欧服务客户发表文章为例,我们来看看那些优秀的微生物多组学相关SCI文章的研究设计思路吧。

 


案例一  移植褐藻寡糖喂养小鼠的粪便微生物群可提升精子的质量和生成量(点击标题查看文章解读)

英文标题:Improvement in sperm quality and spermatogenesis following faecal microbiota transplantation from alginate oligosaccharide dosed mice

期刊:Gut    

IF:19.818

主要技术手段:16S微生物多样性、代谢组

技术路线:

研究结果


白消安(Busulfan)会抑制精子生成和降低精子质量,扰乱肠道微生物群,这在许多研究中都有发现。褐藻寡糖(AOS)是一种具有多种益处的天然产物,可通过增加“有益”细菌(如拟杆菌目和乳杆菌科)和减少“有害”细菌(如脱硫弧菌科)来挽救白消安对精子的损害。

 


案例二  植物根际微生物对开花时间影响的研究(点击标题查看文章解读)

英文标题:Rhizosphere microorganisms can influence the timing of plant flowering

期刊:Microbiome     

IF:11.606

主要技术手段:16S微生物多样性、代谢组

技术路线:

研究结果:

根际微生物群落可以调节拟南芥的开花时间。根际微生物通过硝化作用增加和延长氮的生物利用度,将色氨酸转化为植物激素吲哚乙酸(IAA)来延迟开花,从而抑制开花基因的表达,并且刺激植物进一步生长。通过在水培培养物中添加IAA证实了这种代谢网络。作者找到了一条新的土壤微生物影响植物开花时间的代谢通路,揭示了土壤微生物对植物的关键作用。这为实际应用开辟了多种机会,从帮助减轻气候变化和环境胁迫对植物的影响(例如异常温度变化、干旱、盐分),到利用微生物菌剂控制植物特性来增加作物潜力。

 


案例三  银纳米颗粒改变种植和未种植黄瓜土壤中的微生物群落组成和代谢物谱(点击标题查看文章解读)

英文标题:Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil

期刊:Environmental Science & Technology 

IF:7.860

主要技术手段:16S微生物多样性、代谢组

技术路线:

研究结果:

AgNPs暴露在种植和未种植黄瓜的土壤中均显著提高土壤的pH值,同时土壤细菌群落结构发生了变化,与碳、氮和磷循环功能相关的重要细菌群被破坏。土壤代谢组学分析表明,AgNPs改变了种植和未种植黄瓜土壤中的代谢产物谱。显著变化的代谢物参与糖和氨基酸相关的代谢途径,表明碳和氮代谢紊乱,与细菌群落结构结果一致。此外暴露于AgNPs后,在种植和未种植黄瓜的土壤中几种脂肪酸显著降低,表明纳米粒子对微生物细胞膜施加了氧化应激的影响。这些结果为理解AgNPs暴露对植物和土壤微生物群落的生物学和生化影响提供了有价值的信息;有助于了解这些材料在环境中带来的风险。

 


案例四  吲哚-3-丙酸抑制肠道菌群失调和内毒素渗漏,减轻大鼠脂肪性肝炎(点击标题查看文章解读)

英文标题:Indole-3-propionic acid inhibits gut dysbiosis and endotoxin leakage to attenuate steatohepatitis in rats

期刊:Experimental & Molecular Medicine 

IF:5.419

主要技术手段:16S微生物多样性、代谢组

技术路线:

研究结果:


研究表明IPA处理重塑了肠道菌群结构并缓解了由HFD喂食引起的菌群失调。IPA处理诱导紧密连接蛋白如ZO-1和Occludin的表达,并维持肠上皮细胞的稳态,导致血浆内毒素水平降低。有趣的是,IPA抑制NF-B的信号传导,降低促炎细胞因子表达水平,如TNα、IL-1β和IL-6,从而抑制肝脏炎症和肝损伤。IPA可以抑制成纤维基因和胶原基因的表达,并减弱饮食诱导的NASH表型。IPA通过抑制肠道内毒素的产生而发挥肝保护作用,揭示了肠道菌群和肝脏串扰通过一种新的膳食营养代谢物在调节肠道微环境和肝脏病理方面的作用。IPA可为治疗NASH提供新的治疗策略。

 

二、取样方法

只需按照下文介绍的取样方法(点击文字链接即可浏览不同样本类型的详细取样步骤),将合适的样本寄送给小欧,后续的一系列实验将由小欧团队专业的技术人员来完成。(点击下列标题可查看详细内容)

1. 土壤微生物研究取样方法

2. 水体微生物研究取样方法

3. 人体肠道微生物研究取样方法

4. 小鼠肠道微生物研究取样方法

5. 送样要求:

采样后务必立即封存样品冷冻保存;样品保存期间切忌反复冻融;送样管(冻存管)务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封;送样时使用干冰运输;需填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起送样。

 

三、数据分析

炎炎夏日,小欧的分析服务也迎来了重磅升级,为您的数据分析提供多元化的指导,让您在数据挖掘的海洋中清凉一夏。

 

01 分析架构调整,行业流行分析全面覆盖

 

16S微生物多样性:九大分析模块,50+项标准分析配置,分析架构即文章写作架构,七个分析学水平,五种常规距离算法,数据分析面面俱到,无死角。

代谢组:


02 结果呈图美化,发表级Figure唾手可得

 

多项分析结果呈图优化,注重数据展示的同时,兼顾主流SCI期刊配色要求,征服审稿人就是这么简单。

 


03 新增欧易云免费分析平台,助力数据深度挖掘

 

课堂链接:

1. 微生物组SCI文章核心图表绘制(上)

2. 微生物组SCI文章核心图表绘制(下)

 

更有16S+代谢组学关联分析,轻松绘制高大上图形

欧易云链接:https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/correlation-multiomics-oehw/

 

四、文章写作思路

在这里小欧介绍一个文章写作的经典套路,供大家参考:

 

五、投稿期刊选择

关于微生态投稿期刊的选择,这里推荐微信公众号“微生物生态”推送的一篇软文《微生物生态相关SCI期刊最新影响因子》


(图片信息来源于微信公众号“微生物生态”)

 

六、服务价格与优势

暑期促销来袭,5.13-8.31活动期间16S微生物多样性+全谱代谢价格冰点放松,让您以更低的经费投入,享受更高的服务质量,畅游微生物多组学的海洋。

 

七、学习交流

讲座信息公告:

主题:16S+代谢组学技术在微生物组研究中的应用
讲座内容:
①16S和代谢组研究进展及技术简介
②项目案例解析
③方案设计和研究思路
④关于欧易
直播时间:5月25日晚7:00

观看方式:扫描下方二维码,加入QQ群(群号:693816266),继续深入学习和交流~

点击QQ群“群文件”,可依据需求进行文档资料的查找和下载。小欧将定期分享微生态领域前沿资讯文献解读,并计划推出在线免费课堂。

我们在这里等你哟, 一起看文献, 学知识, 做科研!

 

 

中国肠道大会展会信息

会议日期:2021.05.28-30

会议地点:南京国际展览中心

展位编号:C004

重磅产品:2bRAD-M 与空间代谢组

 

八、近期项目文章(部分)

 


上一页:CopyKAT | 单细胞转录组再添肿瘤细胞鉴定新方法下一页:项目文章 | Plant Journal:欧易酵母文库助力苹果花青素合成调控机制研究