拿到转录组报告之后，想要自行剔除样本或者调整分组重新进行完整差异和富集分析，该怎么办？今天，小编介绍的这一款欧易云平台分析利器：转录组差异富集分析工具，将一键解决各位老师在常规转录组分析中最核心的需求。

话不多说，先上链接。

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/rna-diffenrich-oehw/

定睛一看，直观简约！

接下来，小编将为您详细介绍这款工具的使用方法。

转录组差异富集分析工具需要（且必须）导入3个文件（包）。

第一个是数据文件包，包含分析过程用到的7个背景文件（夹），它们分别是：

• counts.xls：基因（转录本）reads count文件。

• fpkm.xls：基因（转录本）fpkm文件。

• annotation.xls：基因（转录本）注释文件，用于为基因和差异基因添加注释。与物种相关（基因组版本固定，则该文件固定，下同）。

• go.backgroud.xls：基因（转录本）GO注释背景文件，用于GO富集分析，与物种相关。

• kegg.backgroud.xls：基因（转录本）KEGG注释背景文件，用于KEGG富集分析，与物种相关。

• anno-kegg.backgroud.xls: 基因（转录本）KEGG注释背景文件，用于差异基因的KEGG map展示，与物种相关。

• html_png/：物种KEGG html和png文件，用于差异基因的KEGG map展示。与物种相关。

温馨提示：以上7个文件（夹），已存放在欧易生物新版常规转录组报告的result/OECloud_tools（或者result/5.additional）文件夹中，压缩并命名为data.zip，无需修改直接导入。如果您的报告为旧版，可以联系我们，我们会第一时间为您提供可直接用于分析的数据文件包。

第二个文件是样本与分组的对应关系文件，格式如下：

温馨提示：如果您只想取部分样本进行差异分析，无需改动数据文件包中的counts.xls和fpkm.xls文件，只需在此文件中保留对应样本信息即可，不在该文件中的样本则不参与分析哦。

 第三个文件是分组比较文件，格式如下：

该文件一共七列：

    第一列是实验组样本，以逗号分隔。

    第二列是实验组名，用于差异图表展示。

    第三列是对照组样本，以逗号分隔。

    第四列是对照组名，用于差异图表展示。

    第五列为是否是重复，是则填写yes, 否则为no。

    第六列是配对信息，是配对分析则填写yes, 否则为no。

  第七列是差异分析软件（DESeq或者DESeq2）。
 

1、 只要不是1 vs 1比较（2个样本间比较），其余情况第五列均须填写yes。

2、 DESeq2只能用于重复比较，不可用于非重复比较。

3、 配对分析只能用DESeq2，且实验组与对照组样本数必须一致，且配对样本填写的顺序需要一致。比如A1与C1、A2与C2、A3与C3 为配对样本，则配对分析实验组为A1,A2,A3，对照组为C1,C2,C3而不能填写为C1,C3,C2。

• 差异倍数：不填写时，则默认为2。

• 数据类型：可选项为gene,mRNA,请根据实际情况选择，在输出文件中和部分图表中会有相关展示。

• P值和q值（fdr校正后的p值）：原则上只能选择一个，都不填写默认标准为p小于0.05。只填写一个则以该标准进行筛选，若都填写，则以q值为准。