相信很多老师收到微生物多样性结果后，都会有迷茫、无从下手的感觉，虽然每个分析都有各自的特点，却不知如何组合搭配，描述形成一篇完整的文章。因此，根据不同研究背景、样本类型等情况，小编整理了含金量极高的微生物多样性Result描述及分析结果呈现形式，今天分享其上半部分：

该部分经常出现在多样性结果的首段，主要目的就是概述测序的基本情况。通常采用数据统计表格或直接文字描述的形式（如下表），其中原始测序主要描述测序数据量和片段长度等信息，数据量选择Reads或Tags之一即可。OTU统计可描述总数量和共有、特有数量，也可配合韦恩图展示。其他方面例如长度统计、有效数据百分比等信息，是否描述可自行考量。如正文不方便展示，也可考虑放入附件。

群落结构主要用于呈现整体微生物构成，展示优势菌群等信息，该部分内容在文章中应用较多。呈现形式多由群落组成柱状图或Heatmap图等组成（如下图），柱状图是根据物种的相对丰度百分比进行绘制，Heatmap是根据统计分析的相对丰度信息绘制，两种图呈现一种即可，其中比较常用的分类水平是门和属。至于要以样本为单位，还是以组为单位作图，可以根据实际研究目的来判断，没有明确的要求。结果描述方面，可以对高丰度的TOP15或30中，某几类重要的菌群信息及功能进行概括。

（上图描述示例：为了跟踪CIH诱导的微生物群落变化，评估CIH诱导小鼠中的优势菌门的结果发现，Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria和Proteobacteria是CIH诱导AS小鼠肠道环境中最丰富的门。在存在或不存在CIH的AS小鼠中也检测到类似的变化，包括Bacteroidetes丰度降低和Firmicutes增加。结果表明，CIH对Actinobacteria和TM7的丰度有较强的促进作用^[2]。）

对于生态学的重要指标，Alpha多样性主要用于分析反映生物环境内物种的多样性程度。Alpha多样性有多个指数，不同指数对于衡量群落多样性的侧重点不同，并且各指数的意义以及计算方法不同，具体特点在欧易网页版报告中有详细介绍，位置如下：

老师可以根据具体研究情况选择，比较常用的是Observed Species和Chao指数描述丰富度，Shannon和Simpson指数描述多样性。在近年文章使用较多为多样性表格和箱线图（或小提琴图）等（如下图），通过不同算法计算组间指数差异性是否显著，如显著说明组间物种在这个指数是有显著变化，如组间差异不显著，并不说明没有研究意义，可以根据后续差异筛选结果进一步探讨。描述信息可以分别根据不同指数反应的意义及变化为出发点，例如Chao指数在实验组中明显升高，推测该组的微生物丰富度有较大提升，预示处理后菌群的显著变化。

（上图描述示例：Alpha多样性分析表明，AS小鼠的Shannon和Simpson多样性指数显著低于WT小鼠^[2]。）

（上表描述示例：8days和45days丰富度(OTU和Chao1)和多样性(Shannon)均高于0days，说明其细菌种类较多。此外，8days和45days EG的丰富度和多样性均高于CK，说明NRMA提高了堆肥生态系统的丰富度和多样性^[4]。）

相较于Alpha多样性，Beta多样性主要用于分析组内和组间差异，确认分组的差异显著性。如组内差异小、组间差异大，证明样本的选取比较理想；如果不满足，主要考虑样本个体化差异、组间变化不明显等因素。Beta多样性常见分析方法包括PCA、PCoA、NMDS、UPGMA，其中PCoA、UPGMA 和 NMDS 分析包含5种距离算法，具体介绍在欧易网页版报告位置如下：

关于Beta多样性的结果，文章较多应用PCoA和NMDS分析（如下图），具体的算法主要是根据研究目的来选择，理想情况即为组内差异小距离近，组间差异大距离远。如需评估组间差异的显著性程度，建议可以根据Adonis差异p值结合PCoA或NMDS结果分析，p值小于0.05认为分组在统计学上有差异显著性，R²表示分组对样本间差异的解释度，R²值越大表示分组对差异的解释度越高。描述内容可以考虑突出不同处理组中差异较为显著，例如某距离算法中，PCoA结果显示不同处理组间Beta多样性存在显着差异，且Adonis统计数据显示差异具有统计学显著性。

（上图描述示例：使用Bray-Curtis相似性指数，观察到四组的Bulk和Rhi之间的Beta多样性存在显著差异(分别为p=0.002、0.06、0.005和0.006)。Adonis统计数据显示，在CK的Bulk和Rhi土壤中，R²值为0.57，而在其他三个地点的土壤之间的R²值较高，为0.67~0.83^[5]。）

以上四部分涉及到分析小工具链接如下，老师可以根据需求进行个性化处理：

1. 韦恩图小工具链接：https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/venn/

2. 柱状图小工具链接：https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/topavg_barplot-oehw/

3. Heatmap小工具链接：https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/heatmap/

4. 箱线图小工具链接：https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/alpha-box-plot-oehw/

5. PCoA分析小工具链接：https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/principal_co-ordinates_analysis/

今天分享的四部分包括数据OTU统计、群落结构、Alpha多样性和Beta多样性，老师可以根据文章需求进行多项选择。下次小编会带来差异筛选、关联分析和功能预测方面的描述建议，欢迎各位老师持续关注。

[1] Hui YA, Xin YA, Lf A, et al. Dynamics of denitrification performance and denitrifying community under high-dose acute oxytetracycline exposure and various biorecovery strategies in polycaprolactone-supported solid-phase denitrification[J]. Journal of Environmental Management, 2021.

[2] Hu CW, Wang P, Yang YY, et al. Chronic Intermittent Hypoxia Participates in the Pathogenesis of Atherosclerosis and Perturbs the Formation of Intestinal Microbiota[J]. Front Cell Infect Microbiol, 2021.

[3] Yang L, Kan JJ, Yang J, et al. Bacterial Community Composition and Chromophoric Dissolved Organic Matter Differs with Culture Time of Skeletonema dohrnii[J]. Diversity, 2021.

[4] Qiu Z, Li M, Song L, et al. Study on nitrogen-retaining microbial agent to reduce nitrogen loss during chicken manure composting and nitrogen transformation mechanism[J]. Journal of Cleaner Production, 2020.

[5] Song L, Pan ZZ, Dai Yi, et al. Characterization and comparison of the bacterial communities of rhizosphere and bulk soils from cadmium-polluted wheat fields[J]. PeerJ, 2020.

[6] Fu L,  Lu Y , Tang L, et al. Dynamics of methane emission and archaeal microbial community in paddy soil amended with different types of biochar[J]. Applied Soil Ecology, 2021.