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扩增子测序精度不够,宏基因组成本又高,微生物多样性检测该怎么办

提到微生物多样性检测技术,大家首先想到的就是扩增子测序技术(比如 16S)和宏基因组测序,但设计微生物多样性检测相关的实验时,往往又会遇到各种问题:比如宏基因组测序虽然分辨率高,但成本也高,普通科研人只能望而兴叹;扩增子测序技术成本低,相应的分辨率也一般,无法有效区分种水平的差异;花时间收集样本,结果发现存在“微量、降解”等质量问题,实验过程中样本还存在宿主污染,还怎么开展实验…

 

那有没有一种既能提高检测分辨率,又可以节省成本的检测技术呢?

 

还真有!那就是 2bRAD-M,作为微生物多样性检测领域的一项新技术,利用其特殊的实验及分析方法,低成本地给出种水平的信息。

 

一起来看看 2bRAD-M 如何解决上述问题~

 

 

降低实验成本,获取种水平的信息

 

扩增子测序技术分辨率一般为属水平,无法有效区分种水平的差异。宏基因组测序的分辨率可达到种水平,但成本较高。2bRAD-M 技术可以兼顾两者的优点,利用其特殊的实验及分析方法,低成本地给出种水平的信息。此外,2bRAD-M 还可以同时检测细菌、真菌和古菌。

 

 

高质量样本,保证实验顺利开展

 

2bRAD-M 既能检测常规样本(如粪便),也能做疑难样品的检测,比如石蜡切片(FFPE)、皮肤拭子、眼表拭子、玻璃体、脑脊液、腹水等等。宏基因组测序技术对 DNA 质量要求高,很多有价值的样本是无法直接开展宏基因组测序的。

采用由 5 种微生物组成的模拟样品 mock 设计了三种类型的微生物样本,即不同生物量样本 LoA、降解样本 HiD 和高宿主污染样本 HoC。L2 为欧氏距离,代表两个样本的相似性。

 

 

化解高宿主污染,提高检测效率

 

科研实验中很多重要的样本都是存在高宿主污染的,如肿瘤组织、血液、皮肤拭子等,对于这些样本,退一步讲,即使宏基因组能测,也避免不了高宿主污染所带来的问题,比如测序数据中有 90% 以上的信息都来源于宿主,需要加测更多的数据才能分析微生物的信息,而 2bRAD-M 技术则能很好的应对这类高宿主污染问题。

 

为了让科研人员能更深入地了解 2bRAD-M 的技术原理,并应用于自己的课题研究中,欧易生物联手丁香园将于 8 月 12 日下午 14:00-15:00 为大家带来更详细的解读,扫描下方二维码免费报名直播~

 

额外预告:本次报告中将有实际案例展示!报名用户还可获取微生物相关视频课程资料包,欢迎报名哦!

 
 

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