多年来，欧易生物深耕于基因测序行业，致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供创新多组学技术服务。现已在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物等方向积累了深厚经验，并打造出成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止，我们以“硬数据·好服务”的理念，助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。
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据不完全统计，2023 年 5 月欧易生物已助力 69 篇客户文章发表在各领域知名期刊上，累计 IF高达 526分，平均 IF 达到 7.74分。
其中包括Advanced Materials，Nature Metabolism，Nature Communications等在内的10分以上文章13篇。此次收录的文章涵盖多个研究方向，如涉及单细胞方向 9 篇、空间转录组&空间代谢组 2 篇、转录调控方向 33篇、基因组方向 5 篇、微生物方向 6 篇、表观组方向 1 篇、酵母文库 4 篇、蛋白组&代谢组 5 篇、云平台 4 篇。
接下来让我们一起回顾一下这些科研成果！
01
可注射的皮克林乳状凝胶诱导肿瘤铁死亡依赖性免疫应答
Induction of Tumor Ferroptosis-Dependent Immunity via an Injectable Attractive Pickering Emulsion Gel
发表期刊：Advanced Materials
影响因子：32.086
作者单位：浙江大学医学院附属第一医院、浙江大学
欧易生物提供：单细胞转录组测序
研究内容：
研究人员开发了一种油包水Pickering乳状凝胶，用于递送(1S, 3R)-RSL-3 (RSL-3)，一种溶解于碘化油中的铁死亡诱导剂和最常用的溶解于水的免疫检查点抑制剂-程序性死亡-1 (PD-1)抗体，具有最佳特性(RSL-3+PD-1@gel)。肿瘤脂肪酶降解连续油相，导致RSL-3和PD-1抗体缓释，对低免疫原性肝细胞癌(HCC)和胰腺癌有显著的抗肿瘤作用。有趣的是，RSL-3+PD-1@gel诱导肿瘤细胞铁下垂，通过辅助性T淋巴细胞和细胞毒性T细胞的积累产生抗肿瘤免疫反应。此外，肿瘤治疗过程中的单细胞序列分析揭示了肿瘤细胞中铁下垂的诱导以及腹水中较强的抗肿瘤免疫反应。
02
双尾动态共价两亲物对抗细菌生物膜
Two-Tailed Dynamic Covalent Amphiphile Combats Bacterial Biofilms
发表期刊：Advanced Materials
影响因子：32.086
作者单位：国科温州研究院、南开大学
欧易生物提供：蛋白组、代谢组
研究内容：
研究团队开发了由NO供体（二亚乙基三胺NONOate，DN）和各种天然醛组成的双尾抗菌两亲物（two-tailed antimicrobial amphiphiles，T2A2）。T2A2的两亲性可以让其在水中组装形成临界聚集浓度低至0.005µg/mL的纳米颗粒。肉桂醛(Cin)衍生得到的T2A2（Cin-T2A2）组装体表现出出色的杀菌功效，显着高于游离Cin和游离DN。机制研究、分子动力学模拟、蛋白质组学和代谢组学证明，Cin-T2A2组装体可通过多种机制杀死多重耐药葡萄球菌并根除生物被膜。此外，Cin-T2A2组装体在随后的小鼠感染模型中快速根除细菌并减轻炎症。Cin-T2A2组装体可以提供一种有效的非抗生素替代品，以应对与日俱增的耐药细菌及其生物被膜威胁。
03
经典激活巨噬细胞的代谢适应性
Mitochondrial pyruvate carrier-mediated metabolism is dispensable for the classical activation of macrophages
发表期刊：Nature Metabolism
影响因子：19.865
作者单位：同济大学附属东方医院
欧易生物提供：单细胞转录组测序
研究内容：
在之前的研究中，人们认为葡萄糖通过糖酵解生成丙酮酸并进入线粒体的代谢通路对于M1型巨噬细胞的激活至关重要，机制上认为丙酮酸进入三羧酸循环后通过生成柠檬酸来增加细胞质中的乙酰辅酶a水平和组蛋白乙酰化修饰，进而促进M1型巨噬细胞促炎细胞因子的转录。该研究挑战了之前关于MPC介导的代谢通路促进经典激活巨噬细胞功能的观点，利用髓系细胞特异性基因敲除的小鼠模型，发现MPC介导的代谢通路对于M1型巨噬细胞的激活并无显著影响，而数十年来被代谢领域广泛使用的MPC抑制剂UK5099存在脱靶效应。
04
空间分辨多组学强调胃癌细胞特异性代谢重塑和相互作用
Spatially resolved multi-omics highlights cell-specific metabolic remodeling and interactions in gastric cancer
发表期刊：Nature Communications
影响因子：17.694
作者单位：中国医学科学院药物研究所
欧易生物提供：空间转录组测序、空间代谢组测序
研究内容：
该研究提出了基于质谱成像的空间代谢组学和脂质组学与基于微阵列的空间转录组学的整合，以分层方式可视化同一胃癌样本中肿瘤内代谢异质性和细胞代谢相互作用。肿瘤相关的代谢重编程呈现在代谢-转录水平上，将marker代谢物、脂质、基因在代谢途径中串接起来，并共同定位在具有异质性的肿瘤组织中。通过空间多组学方法确定了复杂的肿瘤微环境中的细胞类型和分布，而以免疫细胞为主的 "肿瘤边界"区域，即肿瘤细胞与相邻组织接触的区域，具有明显的转录特征和显著的免疫代谢改变。绘制肿瘤代谢重塑及其与周围非肿瘤细胞的空间串扰图可以从根本上提高对肿瘤生物学的认识，有助于设计先进的治疗策略。
05
抑制ALKBH5通过促进CCL28 m6A修饰和增加Treg募集来减轻雄性小鼠肾I/R损伤
Inhibition of ALKBH5 attenuates I/R-induced renal injury in male mice by promoting Ccl28 m6A modification and increasing Treg recruitment
发表期刊：Nature Communications
影响因子：17.694
作者单位：复旦大学附属中山医院
欧易生物提供：m6A RNA甲基化测序
研究内容：
缺血再灌注损伤(IRI)是急性肾损伤(AKI)的常见原因，m6A修饰在AKI中的作用尚不清楚。该团队研究了ALKBH5和m6A修饰在雄性小鼠肾I/R损伤模型中的作用。Alkbh5基因敲除小鼠在IRI后表现出比野生型小鼠更轻的病理损害和更好的肾功能，而Alkbh5基因敲除小鼠则表现出相反的结果。此外，在肾小管上皮细胞中有条件地敲除Alkbh5可以减轻I/R诱导的AKI和纤维化。CCL28被确定为ALKBH5的靶标，在IRI-Alkbh5fl/fl KspCre小鼠中，Ccl28 mRNA的稳定性随着Alkbh5缺乏而增加，这是通过与胰岛素样生长因子2结合蛋白2的结合介导的。在IRI-Alkbh5fl/fl KspCre小鼠中，Treg募集上调，炎症细胞受到抑制。ALKBH5抑制剂IOX1对I/R诱导的AKI具有保护作用。综上所述，抑制ALKBH5可促进Ccl28的m6A修饰，增强其稳定性，并调节Treg/炎症细胞轴，是一个潜在的AKI治疗靶点。
06
综合空间转录组和代谢研究揭示了人类损伤脑代谢异质性
Integrated spatial transcriptome and metabolism study reveals metabolic heterogeneity in human injured brain
发表期刊：Cell Reports Medicine
影响因子：16.988
作者单位：上海市浦东新区人民医院
欧易生物提供：空间转录组测序、空间代谢组测序
研究内容：
该研究团队从6名脑外伤患者的手术样本中生成空间转录组和代谢物，由此产生的空间标记基因在分析方法、测序技术和模式上具有高度可复制性，是人类损伤大脑中多种代谢变化的综合分子标记。该图谱包括一个脂质过氧化区域，类似于大脑中受损的神经元。进一步发现不平衡的肌醇和肌醇磷酸以及相关的空间标记。该研究结果强调了受伤大脑中复杂的转录组调控和代谢改变，并将直接使试剂的设计能够针对人类大脑中的特定基因进行功能分析。
07
TaSRT1-TaPGK 分子模块调控小麦低温抗性的新机制
Global crotonylatome and GWAS revealed a TaSRT1-TaPGK model regulating wheat cold tolerance through mediating pyruvate
发表期刊：Science Advances
影响因子：14.957
作者单位：河南农业大学
欧易生物提供：酵母文库、转录组测序
研究内容：
该团队利用巴豆酰化组学和多组学分析确定了调控小麦低温的重要基因TaPGK。进一步通过转基因过表达、基因编辑等技术对该基因进行了系统的功能验证，并利用多种蛋白互作技术和巴豆酰化修饰技术对其调控机制进行解析，发现TaPGK能够与TaSRT1蛋白互作且被后者去巴豆酰化，从而揭示了TaSRT1-TaPGK分子模块通过促进丙酮酸积累来调节小麦低温抗性的作用机理。
08
Slo1缺乏损害骨骼肌再生和慢肌纤维形成
Slo1 deficiency impaired skeletal muscle regeneration and slow-twitch fibre formation
发表期刊：Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle
影响因子：12.063
作者单位：上海交通大学医学院附属新华医院
欧易生物提供：转录组测序
研究内容：
该研究团队制造了骨骼肌特异性Slo1基因敲除小鼠，研究了Slo1缺失骨骼肌的功能变化，并探讨了其潜在机制。研究发现Slo1基因敲除小鼠的体重和大小与野生小鼠没有显著差异。肌肉中Slo1的缺乏会导致耐力下降和力量下降。虽然肌肉的一般形态没有差异，但电镜结果显示比目鱼肌线粒体含量明显减少。Slo1主要在细胞膜上表达，在慢肌纤维中表达较多。Slo1蛋白的表达在肌肉产后发育和损伤后再生过程中逐渐降低，在成肌细胞分化过程中表达强烈降低。Slo1缺失损害成肌细胞分化和慢肌纤维形成。在机制上，转录组分析显示Slo1影响与肌分化和慢肌纤维形成相关的基因表达。Slo1与FAK相互作用影响肌源性分化，Slo1缺失会降低NFAT活性。
09
海洋模式硅藻在低ph胁迫下适应性进化的生理和分子研究
Physiological and molecular insights into adaptive evolution of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum under low-pH stress
发表期刊：Journal of Cleaner Production
影响因子：11.072
作者单位：浙江大学
欧易生物提供：转录组测序、基因组重测序
研究内容：
该团队研究了海洋模式硅藻三角褐指藻对pH 6.0酸性胁迫的适应性反应。在持续的酸性胁迫下，植物的形态比、叶绿素含量和光合效率都发生了逐渐的变化。进化后的菌株在酸性条件下的生长速率显著提高，表型特征显示出稳定的耐酸性状，在pH 5.5、6.0和6.5条件下，与亲本野生型菌株相比，进化菌株平均生长增长率分别为110.4%、46.1%和27.5%。此外，转录组测序和全基因组重测序分析显示，所有三种进化菌株的核心途径，包括光合作用、pH调节/离子转运、碳水化合物和脂肪酸代谢都上调了。研究通过适应性实验室进化证明了三角褐指藻在酸性胁迫后恢复光合能力的可行性，并提供了分子数据，揭示了基因调控的基本改变，使细胞能够耐受低环境pH值。
10
3D生物打印前列腺癌转移的多细胞肿瘤微环境
3D bioprinting of multi-cellular tumor microenvironment for prostate cancer metastasis
发表期刊：Biofabrication
影响因子：11.061
作者单位：宁波大学附属第一医院
欧易生物提供：转录组测序
研究内容：
研究表明透明质酸（HA）和癌相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤微环境的主要成分，与前列腺癌的增殖和转移有关，但由于缺乏仿生细胞外基质成分和共培养模型，其潜在机制仍未完全了解。该研究将明胶甲基丙烯酰/硫酸软骨素基水凝胶与透明质酸物理交联，为共培养模型的三维（3D）生物打印开发了一种新型生物链接，可用于研究透明质酸对前列腺癌（PCa）行为的影响以及PCa与成纤维细胞相互作用的机制。在透明质酸刺激下，PCa细胞表现出不同的转录谱，细胞因子分泌、血管生成和上皮细胞向间质细胞的转化显著上调。进一步将PCa与正常成纤维细胞共培养可激活CAF转化，这可能是通过上调PCa细胞的细胞因子分泌来诱导的。这些结果表明，HA不仅可以单独促进PCa转移，还可以诱导PCa细胞激活CAF转化，形成HA-CAF偶联效应，进一步促进PCa耐药和转移。
THE END
