项目文章

11月项目文章集锦 | 助力发文93篇,累计IF 703



11月

客户文章合集

OEBIOTECH



多年来,欧易生物深耕于基因测序行业,致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供创新多组学技术服务。现已在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物等方向积累了深厚经验,并打造出成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止,我们以“硬数据·好服务”的理念,助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。


据不完全统计,2023 年 11 月欧易生物已助力 93篇客户文章发表在各领域知名期刊上,累计 IF高达 703分,平均 IF 达到 7.6分。其中包括Advanced Functional Materials,Bioactive Materials,Nature Communications等在内的10分以上文章18篇。


此次收录的文章涵盖多个研究方向,如涉及单细胞方向 7 篇、转录调控方向 46 篇、基因组方向 篇、微生物方向 18 篇、表观组方向 篇、酵母文库 3 篇、蛋白组&代谢组 4 篇、云平台 篇。


接下来让我们一起回顾一下这些科研成果!



01

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Advanced Functional Materials | 仿生金属有机框架通过高温增强细菌代谢干扰协同自噬促进适应性免疫对抗生物膜相关感染

影响因子:19

作者单位:中国科技大学附属第一医院

欧易生物提供转录组测序、蛋白组


研究内容:

强大的细菌代谢和对外周免疫细胞的免疫抑制导致生物膜相关感染(BAIs)很难仅通过抗生素根除。研究者使用亚硒酸盐、聚吡咯和巨噬细胞膜(MM)修饰分级介孔UiO-66型金属有机框架(MOFs)构建了一种仿生纳米球(USPM)。USPM通过巨噬细胞膜(MM)衍生的病原体靶向能力重新聚集到生物膜微环境(BME),BME响应的USPM可以精确地释放亚硒酸盐穿透松散的生物膜,与近红外诱导的轻度光热疗法(mPTT)协同作用。亚硒酸盐能在生物膜内与还原性物质快速反应生成硒化氢(H2Se)。H2Se可以通过级联放大效应竞争性地抑制细菌代谢过程,破坏生物膜代谢稳态。此外,生物膜内的H2Se进一步敏化光热,从而发挥精确的局部光热效应。在生物膜外,USPM可以同时促进巨噬细胞的吞噬和自噬,杀死和分解被吞噬的细菌。最后将巨噬细胞内分解良好的细菌抗原呈递给抗原提呈细胞,引起适应性免疫反应,进一步增强抗生物膜效果。


这种强大的mPTT增强细菌代谢干扰协同巨噬细胞自噬促进适应性免疫激活,提示治疗难治性BAIs的替代治疗策略。


02

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Bioactive Materials | 含镁生物陶瓷通过靶向Hoxa7/MAPK信号轴刺激外泌体miR-196a-5p分泌促进成骨

影响因子:18.9

作者单位:上海交通大学医学院附属第九人民医院

欧易生物提供Small RNA测序


研究内容:

干细胞衰老的特点是进行性功能障碍和分泌表型改变,包括增殖减少,成骨和血管生成分化功能障碍,衰老相关分泌表型(SASP)分泌增加,给骨修复带来困难。挽救或延缓衰老骨髓间充质干细胞(O-BMSCs)的衰老被认为是衰老微环境下骨再生的有效策略。据报道,从生物陶瓷中释放的镁离子通过促进成骨和减轻衰老来促进骨再生。本研究以含镁离子的Akermanite biocreics (Akt)为模型,在体外通过激活MAPK信号通路促进O-BMSCs的成骨和血管生成作用。此外,增强的成骨作用可能归因于含镁-Akt提高了外泌体中miR-196a-5p的含量,并靶向Hoxa7基因和激活MAPK信号通路。体内研究证实,3D打印多孔含镁Akt支架可有效促进老年大鼠颅骨缺损的骨再生。


目前的结果表明,外泌体-miR-196a-5p/Hoxa7/MAPK信号轴可能是含镁-Akt介导成骨的潜在机制。Akt生物陶瓷或其他生物材料中释放的镁离子刺激外泌体介导的治疗,可能作为老年人骨修复的候选策略。


03

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Bioactive Materials | 间充质干细胞来源的工程细胞外囊泡通过HIF-1α/EZH2/PGC-1α途径治疗糖尿病视网膜病变

影响因子:18.9

作者单位江苏大学

欧易生物提供Small RNA测序


研究内容:

糖尿病视网膜病变(DR)是全球失明的主要原因,治疗选择有限。间充质干细胞衍生的细胞外囊泡(MSV-sEVs)有望成为视网膜疾病的无细胞治疗方法。本研究发现,玻璃体内注射MSV-sEVs改善了db/db小鼠和链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠的视网膜功能,减轻了视网膜凋亡、炎症和血管生成。机制上,高血糖诱导的缺氧诱导因子-1α (HIF-1α)的激活抑制了TRIM21介导的泛素化和EZH2的降解,最终通过EZH2诱导的甲基化修饰导致PGC-1α的下调。MSV-sEVs中的miR-5068和miR-10228靶向HIF-1α/EZH2/PGC-1α通路。阻断miR-5068和miR-10228可消除MSV-sEVs的视网膜治疗作用。此外,研究者通过工程设计了一种高miR-5068、miR-10228水平的 MSV-sEVs进一步提高了视网膜修复效率


本研究为DR进展的机制提供了新的见解,并强调MSV-sEVs特别是工程MSV-sEVs作为DR治疗选择的潜力。


04

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Nature Communications| 空间转录组学揭示玉米籽粒发育过程中蔗糖在韧皮部的运输

影响因子16.6

作者单位:上海师范大学

欧易生物提供:空间转录组测序


研究内容:

玉米籽粒是由母体组织、子代胚胎和子代胚乳三个遗传源组成的复杂生物系统。缺乏具有空间信息的基因表达谱限制了对每个细胞群体特定功能的认识,阻碍了对籽粒中优势基因的探索。本研究进行了玉米籽粒灌浆期的显微切片和空间转录组学分析。根据所有RNA的原位表达模式可视化,鉴定出11个细胞群和332个分子标记基因。此外,本文还系统地阐明了玉米籽粒中淀粉、蛋白质和油脂三种主要物质的空间储存机制。


这些发现为研究控制玉米籽粒农艺性状的功能基因提供了有价值的见解。


05

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Nature Communications| 在结直肠癌中表达ID1的巨噬细胞维持癌细胞干性并限制CD8+T细胞的浸润

影响因子:16.6

作者单位:中国医学科学院药物研究所

欧易生物提供:转录组测序


研究内容:

消除肿瘤干细胞(CSCs)和恢复抗肿瘤免疫仍然是癌症治疗中未完成的挑战。肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)是肿瘤组织中重要的免疫细胞群,有助于形成CSC niches和抑制免疫微环境。本文发现TAMs中分化抑制因子1 (ID1)的高表达与结直肠癌(CRC)患者的不良预后相关。表达ID1的巨噬细胞维持肿瘤的干细胞特性,抑制CD8+T细胞的浸润。在机制上,ID1与STAT1相互作用诱导其定位于细胞质,并抑制STAT1介导的SerpinB2CCL4转录,这两种分泌因子负责肿瘤干细胞抑制和CD8+T细胞募集。减少ID1表达可改善结直肠癌的进展,增强肿瘤对免疫治疗和化疗的敏感性。


总之,该研究强调了ID1在控制TAMs前肿瘤表型中的关键作用,并为结直肠癌治疗提供了全新的思路和靶点。


06

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Nature Communications | m6A甲基化通过调控PTX3介导的巨噬细胞稳态调节过敏性哮喘气道炎症

影响因子:16.6

作者单位:复旦大学附属儿科医院

欧易生物提供:m6A RNA甲基化测序


研究内容:

m6A在过敏性哮喘和巨噬细胞稳态中的作用在很大程度上仍然未知。本研究表明,m6A甲基转移酶METTL3在儿童过敏性哮喘患者的单核源性巨噬细胞中呈低水平表达。髓系细胞条件敲除Mettl3可增强Th2细胞应答,并通过促进M2巨噬细胞活化而加重过敏性呼吸道炎症。功能研究证实METTL3部分通过PI3K/AKT和JAK/ STAT6信号通路抑制M2巨噬细胞活化。m6A测序显示METTL3的缺失会损害m6a-YTHDF3依赖性PTX3 mRNA降解,而PTX3的高表达通过促进M2巨噬细胞活化与哮喘严重程度呈正相关。此外,METTL3/YTHDF3-m6A/PTX3相互作用通过调节STX17的表达促进巨噬细胞的自噬成熟。


总之,本研究强调了m6A在调节巨噬细胞稳态中的功能,并确定了控制过敏性哮喘的潜在靶点。


07

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Cancer Communications | 阻断EGFR/AKT和甲羟戊酸通路可通过重编程胶质母细胞瘤能量代谢,增强替莫唑胺的抗肿瘤作用

影响因子:16.2

作者单位:天津医科大学总医院

欧易生物提供:全转录组测序、代谢组


研究内容:

代谢重编程对肿瘤生长和免疫逃逸机制至关重要。本研究旨在探讨EGFR通路在脂肪酸代谢重塑和能量生成中的功能作用。选择临床GBM标本进行单细胞RNA测序和非靶向代谢组学分析。构建并验证了代谢相关的RTK-脂肪酸基因标记。结果表明,EGFR高表达的GBM具有脂质重塑和维持高胆固醇水平的特征。抑制EGFR/AKT和甲羟戊酸途径可以通过抑制三羧酸循环和调节ATP的产生来重塑能量代谢。在机制上,EGFR/AKT通路以NF-κB依赖的方式上调ACSS3、ACSL3和ELOVL2的表达。此外,甲羟戊酸途径的抑制降低了细胞膜上的EGFR水平,从而影响了EGFR/AKT通路的信号转导。因此,靶向EGFR/AKT和甲羟戊酸通路增强了TMZ在GBM细胞和动物模型中的抗肿瘤作用。


本研究不仅揭示了EGFR激活的GBM代谢重编程的机制,而且为临床GBM的治疗提供了一种综合治疗策略。


08

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Molecular Cell | SMURF2通过促进GSTP1降解以非GPX4依赖方式使癌细胞易发生铁死亡

影响因子:16

作者单位:哈尔滨工业大学

欧易生物提供:云平台


研究内容:

铁死亡是一种非凋亡的细胞死亡形式。谷胱甘肽(GSH)过氧化物酶4(GPX4)和非GSH依赖的FSP1已被确定为主要的防御机制,本研究通过监测铁死亡过程中的蛋白质组学动态,揭示了由GSH s-转移酶P1 (GSTP1)介导的新的潜在机制。在铁死亡的早期阶段,SMURF2介导的GSTP1泛素化和降解引起GSTP1显著下调。有趣的是,GSTP1的作用方式不依赖于GPX4和FSP1,GSTP1不仅通过谷胱甘肽转移酶活性催化GSH偶联脂质过氧化产物4-HNE抑制铁死亡,还具有硒非依赖的谷胱氨肽过氧化物酶活性,直接抵抗脂质过氧化来抑制铁死亡。SMURF2/GSTP1轴的遗传调控或GSTP1催化活性的药理抑制使肿瘤对FDA批准的铁死亡诱导药物的反应增敏,无论是在体外还是体内。GSTP1的表达也通过钝化铁死亡而对免疫检查点抑制剂产生抗性。


综上所述,该研究发现了一种非GPX4/ FSP1依赖的铁死亡细胞防御机制,并表明靶向SMURF2/GSTP1使癌细胞对铁死亡敏感具有抗癌治疗的潜力。


09

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Advanced Science | 骨髓来源的GCA+免疫细胞驱动阿尔茨海默病的进展

影响因子:15.1

作者单位:中南大学湘雅医院

欧易生物提供:转录组测序


研究内容:

阿尔茨海默病(AD)是一种与年龄相关的中枢神经系统(CNS)退行性疾病,而骨髓免疫细胞在AD发病机制中的作用尚不清楚。本研究证实,与匹配的健康个体相比,AD患者有更高GCA水平,这与认知功能呈负相关。骨髓来源的GCA+免疫细胞分泌丰富的GCA,随着年龄的增长而增加,以CCR10依赖的方式优先侵入AD小鼠模型的海马和皮层。移植GCA+免疫细胞或直接立体定向注射重组GCA蛋白会加重淀粉样斑块负荷,加重认知和记忆障碍。相比之下,在造血室中对GCA进行基因消融可改善认知和记忆功能。在机制上,GCA与小胶质细胞中的低密度脂蛋白受体相关蛋白1 (LRP1)竞争性结合,从而抑制Aβ的吞噬和清除,并增强神经病理改变。重要的是,GCA中和抗体治疗可恢复认知和记忆功能,并限制AD进展。


总之,该研究证明了GCA+免疫细胞引发认知和记忆衰退的病理作用,表明GCA+免疫细胞可以成为AD创新治疗策略的潜在靶点。


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Advanced Science | 负载了变构肽配体的树突状细胞来源的细胞外囊泡通过诱导CD4+T细胞介导的神经保护性免疫,治疗脊髓损伤

影响因子:15.1

作者单位哈尔滨医科大学附属第二医院

欧易生物提供:转录组测序


研究内容:

不同CD4+T细胞亚群之间的平衡对损伤脊髓的修复至关重要。树突状细胞(DC)衍生的细胞外囊泡(DsEVs)有效地激活T细胞免疫。来自髓鞘碱性蛋白(MBP)的变构肽配体(APL)已被证明可以影响CD4+T细胞亚群并降低神经炎症水平。然而APL却有稳定性差和相关的副作用。本研究表明,DsEVs可以作为APL MBP87-99A91 (A91-DsEVs)的载体,诱导Th2和Treg细胞在小鼠脊髓损伤(SCI)中的激活。这些受刺激的CD4+T细胞可以有效地“home”到病变区域,建立一个有益的微环境,通过诱导M2巨噬细胞/小胶质细胞的活化,抑制炎症因子的表达,增加神经营养因子的释放。A91-DsEVs介导的微环境可能促进轴突再生、保护神经元、促进髓鞘再生,从而支持脊髓损伤模型小鼠运动功能的恢复。


综上所述,使用A91-DsEVs作为治疗性疫苗可能有助于诱导神经保护性免疫治疗脊髓损伤。



11月项目文章集锦list如下,欢迎感兴趣的老师查阅!

上海欧易生物医学科技有限公司成立于2009年,公司现已建成完整齐备的多组学检测服务平台和多组学联合大数据分析平台,提供基因组、转录组、表观组、微生物组、蛋白组、代谢组等全组学检测服务;并不断跟踪组学技术进展,近几年在单细胞测序技术、空间多组学技术(空间代谢组、空间转录组)、单细胞蛋白组技术、多组学联合分析等方面逐渐取得综合优势。


欢迎各位老师垂询,有相关科研需求可以联系小欧客服(微信:17317724501)或咨询与您对接的欧易生物销售工程师!

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11月项目文章集锦 | 助力发文93篇,累计IF 703



11月项目文章集锦 | 助力发文93篇,累计IF 703



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