律回春渐，新元肇启，烟火照夜白。2024新年伊始，10x Genomics推出的空间转录组测序新产品Visium HD，亦如那璀璨的烟火，为FFPE样本的空间组学研究照亮了单细胞级别的高清之路。
了解10x Visium Spatial测序平台的小伙伴们一定知道，虽然采用该技术平台发表的研究论文已有400余篇，但一直以来，基于55 μm barcoded spots产生的100 μm检测分辨率问题始终是很多科研用户选择该平台时的最大顾虑。而今，10x Genomics终于不负众望，带着具有革命性单细胞分辨率的Visium HD在万众期待中华丽登场！“好风须借力，扬帆正当时”，对于有单细胞和空间组学需求，尤其是今年准备申请基金的小伙伴们，快来和我们一起看看，Visium HD有哪些独特之处吧！
革命性创新：2*2 μm正方形微矩阵排布，实现无间隙捕获区域
传统10x Visium空间基因表达玻片上的spot是圆形的，两个spot之间存在自然形成的空隙。Visium HD玻片将带有空间位置标签的寡核苷酸排布在连续排列的数百万个无间隙的2 x 2 µm正方形中，实现了无间隙捕获组织信息。同时，一张玻片上包含两个6.5 x 6.5 mm捕获区域，沿用了已有的基于CytAssist的Visium_V2版本格式。
图1 Visium HD空间基因表达玻片结构示意图
✳ 单细胞分辨率：高清展示组织微环境的细胞类型
高通量测序数据以2 µm正方形单位以及多个合并的分析单位输出，可视化和分析的起始点推荐采用8*8 µm大小的分析单位，实现了单细胞级别的分辨率。从已有的测试数据来看，空间转录组数据与HE染色结果完美匹配，真实展现了组织微环境中的各种细胞类型。
图2 Visium HD实现全覆盖的单细胞分辨率。上图展示癌症样本的空间表达数据注释的微环境中癌细胞或免疫细胞群与HE染色结果高度一致。下图展示该技术在小鼠小肠样本中的分析结果
✳ 基于探针捕获，延续CytAssist优势
Visium HD与Visium_V2版本采用相同的探针捕获方式和基于CytAssist转片模式，在实验流程和优势上与V2版本基本相同。CytAssist平台能够实现精准的转录本定位，稳定产出高质量数据，再结合上Visium HD特有的的单细胞水平的高分辨率，让基于CytAssist的空间转录组测序平台如虎添翼。
图3 基于CytAssist的实验流程图
✳ 成功测试多种FFPE样本
目前10x Genomics已经完成了人和小鼠多种样本类型的测试。由于采用了物种特定的探针捕获方式，因此只适用于人和小鼠。在样本类型方面，目前Visium HD还只能用于FFPE样本。相对于Visium_V2版本也可用于新鲜冰冻（FF）样本而言，Visium HD在样本类型上还有拓展的空间。（此处忍不住想剧透一下：据说FF样本已经在测试中，让我们拭目以待~ ~ ~）
图4 10x Genomics已经完成Visium HD测试的样本类型
✳ 生信分析：易于使用的可视化工具，无偏全转录组空间数据分析
Visium HD的数据分析仍和10x Visium Spatial其他平台一样，可使用Space Ranger和Loupe Browser两个分析工具。Space Ranger可自动将空间基因表达信息叠加在组织图像上，并识别具有相似转录特征的条形码标记的方块簇，然后可使用Loupe Browser进行可视化交互分析。
图5 利用Loupe Browser进行可视化交互分析示例
✳ 欧易现有空间转录组测序平台技术指标与优势分析
为方便小伙伴们根据课题需求和样本类型选择合适的空间转录组测序平台，我们将欧易现有的4个主流空转平台的关键技术指标及优缺点进行了整理（见下表），供大家参考。如有任何需求，请及时联系我们当地的科研顾问，我们会第一时间为您提供最优质、最靠谱的技术咨询与科研服务！
