中医学怎么才能发高分SCI呢?同时最好不是纯实验的!有办法吗?一起看看上海中医药大学张卫东教授团队的这篇经典的中药全谱机制研究的思路吧!研究通过网药+多组学+实验验证的思路,成功将文章发在一区期刊!在这篇文章的多种生信分析方法非常值得借鉴哦~
发表期刊:Phytomedicine
影响因子:7.9
材料:血清成分鉴定:健康大鼠3组(对照组3只,给药组15只,代谢组3只)
药效学和多组学研究: C57BL/6小鼠,对照组12只,正常给药组6只,模型组12只,低中高剂量QSC组各6-12只,正性对照组6只
主要技术方法:小鼠模型+网络药理学、转录组学+蛋白质组学+尿液代谢组学多组学应用
文章亮点解析:
1、这篇文章使用了网络药理学做中药药理机制的生物信息学分析是其中的亮点,而作者团队通过小鼠模型的建立,进一步验证了网络药理学的结果,是文章拿下7.9分高分期刊的主要原因!
2、多组学的应用,作者团队在这篇网络药理学中灵活应用了多组学对芪胶升白胶囊对于白细胞的作用机制,包含转录组学+蛋白质组学+尿液代谢组学多组学应用!
中药全谱药理机制解析的核心价值在于“一针三效”,通过一次样本检测分析可以: 1)明确中药复方中的代谢物成分组成; 2)鉴定入血入靶器官的原型成分及代谢产物; 3)弄清中药干预后自身内源性代谢物水平的变化情况,以及引起这种内源性改变高相关的外源性成分,系统性地阐述从外源性药物成分到内源代谢物,再到代谢通路的完整中药干预过程。
中药全谱药理机制解析既需要做中药成分鉴定、同时需要做中药入血/入靶成分分析和中药代谢产物解析、还需做中药全谱代谢组、目前欧易生物质谱平台还增加了内外源联合分析。除上述分析内容还可根据疾病信息使用网络药理学、系统药理学、分子对接等做进一步的分析。(了解上述产品可点击揭秘欧易生物的中药代谢组学分析平台,为中药研究提供强有力支持)
中药全谱药理机制解析针对中药干预后的包括各类动物/临床研究的具有组别的样本,探究中药成分在动物/人体内的(外源性成分)代谢情况,以及中药干预后动物/人体内的内源性代谢物水平的变化;从而为明确其物质基础和内外源性差异代谢物及量效关系,阐述中药干预的药理药效作用机制的研究奠定科学依据。
01 中药全谱药理分析
接下来给大家展示下中药全谱药理机制解析中提供的分析。
中药全谱药理机制解析中提供样本的基峰色谱图和代谢物的质谱二级镜像图(MS/MS)。质谱二级镜像图(MS/MS)反应了被鉴定物质与标准品质谱碎裂的二级碎片比对情况,并且添加了碎片的结构注释。二级谱图相似度越高,被鉴定的物质越可靠。
02 母体代谢物、代谢产物、内源代谢物注释
体代谢物、代谢产物、内源代谢物注释:与自建中药及动物数据库中化合物进行比对,以确定其在数据库中的结构、作用途径等信息,进而为中药全谱药理机制解析研究提供更加可靠的注释结果。绘制代谢产物网路图,M0表示母体代谢物,M1-Mn表示Ⅰ相代谢产物、Ⅱ相代谢产物、…,箭头上标注的是反应类型。
03 差异比较分析
采用多维分析和单维分析相结合的办法,来筛选组间差异代谢物。通过OPLS-DA分析中的变量权重值来衡量各代谢物的表达模式对各组样本分类判别的影响强度和解释能力,挖掘具有生物意义的差异代谢物,进一步利用T检验验证组间差异代谢物是否具有显著性。
04 通路富集分析
通路富集分析:对基因/代谢物集合进行生物学通路注释和功能分析的方法,为了阐明研究对象的不同基因/代谢物在细胞、组织或物种水平上的生物学过程和代谢途径,并帮助确定这些生物学通路在疾病发生和发展的分子机制中扮演的重要角色。
05 内外源联合分析
内外源联合分析:通过内外源物质相关性分析,获得与中药(外源性物质)高度相关的内源性代谢物,对这些代谢物做通路富集分析,揭示中药影响机体的潜在代谢途径;与差异代谢物的富集分析结果取交集,进一步得出更可靠的中药干预代谢通路。
06 延伸性分析
延伸性分析:网络药理学、系统药理学、分子对接分析