影响因子：30.3

作者单位：上海交通大学医学院附属瑞金医院

欧易生物提供：单细胞转录组测序

研究内容：

丙酸是一种短链脂肪酸，由肠道菌群发酵纤维产生，可调节通过调节免疫和代谢途径，发挥诸多有益健康的作用。多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)等关键的肠道细菌可以产生丙酸，但其生化途径和具体功能仍待研究。该研究团队在多形拟杆菌中鉴定了一种基因操纵子编码的甲基丙二酰-辅酶A变位酶(MCM)，其有助于丙酸生物合成。野生型或MCM缺陷菌株的无菌小鼠定植以及体外检测表明，MCM介导的丙酸合成促进杯状细胞分化和粘液相关基因的表达。丙酸受体GPR41缺陷的肠道类器官在MCM介导的丙酸合成过程中显示出杯状细胞分化减少。此外，野生型多形拟杆菌定植减轻了DSS诱导的肠道炎症，在移植MCM缺陷菌株的小鼠中并不存在这种效果，但可以在补充丙酸后恢复。

这些数据强调了MCM介导的丙酸生物合成在杯状细胞分化中的关键作用，为改善结肠炎提供了潜在的途径。

影响因子：18.9

作者单位：南通大学附属医院

欧易生物提供：Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8×60K Microarray

研究内容：

神经组织工程的核心问题是组织工程化神经(TEN)如何将与外周神经再生相关的详细转录信号转化为有意义的生物过程。该文章报道了一种皮肤源性前体诱导施旺细胞(SKP-SC)介导的壳聚糖/丝纤维制造的组织工程神经移植物(SKP-SCs-TEN)，根据行为、组织学和电生理证据证明它可以促进坐骨神经的再生和功能恢复，并几乎达到自体神经移植物的水平。为了获得更好的神经再生效果，本研究首次联合应用动态灌注生物反应器和抗坏血酸刺激SKP-SCs分泌细胞外基质(extracellular matrix, ECM)。将SKP-SCs及其ECM成分联合使用是出于延长支持细胞及其生物活性信号促进周围神经再生的作用的考虑，以克服传统组织工程神经移植物的局限性。为了进一步探索组织工程辅助周围神经再生的基因表达调控模式和相关分子机制，研究者对移植段和背根神经节组织进行了基因表达谱的cDNA微阵列分析，进行综合生物信息学分析和验证研究。转录组学和生物信息学数据揭示了复杂的分子网络和功能调控，这可能是SKP-SCs-TEN促进周围神经再生的原因。

该工作为SKP-SCs-TEN辅助神经功能恢复的转录组学特征和分子调控模式提供了新的见解，为外周神经损伤的修复策略提供了更广泛的可能性。

影响因子：17.4

作者单位：中国科学技术大学附属第一医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

巨噬细胞作为抗植入物相关感染(IAIs)的先锋，促进浮游生物和生物膜感染的吞噬和促炎极化，但间接充当了细胞内细菌感染的“特洛伊木马”。有效的药物传递和巨噬细胞免疫调节消除细胞内感染将有助于难治性IAIs治疗和预防复发。研究团队通过将铜封装在卟啉金属有机框架中并表面接枝D-甘露糖胺，合成了具有巨噬细胞靶向功能的CuTCPP@MOF纳米点@甘露糖胺（CTMM），由此开发了一种靶向巨噬细胞的超声响应铜基纳米颗粒。超声介导的生物膜微环境中羟基自由基和单线态氧同时产生，破坏生物膜结构，使CTMM过载并干扰细菌生物膜的生长和代谢。CTMM通过调节巨噬细胞氧化应激代谢，诱导铜铁死亡样应激，其特征是并发铜死亡和铁死亡，以消除细胞内感染。

转录组分析证实，基于GPX4轴调节的铜铁死亡样应激进一步促进巨噬细胞炎症激活。这种 CTMM+US 介导的生物膜细菌清除和巨噬细胞免疫调节为临床上对抗 IAI 的“特洛伊战争”策略提供了信息。

影响因子：17.4

作者单位：浙江大学医学院附属第二医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

角膜损伤，如碱烧伤，是世界范围内常见的眼部创伤，如果不及时治疗，通常会导致角膜混浊甚至失明。眼药水一直被认为是治疗眼表疾病的最佳介质。然而，它们的功效受到眼睛自然自洁机制的严重影响。本研究设计并制备了基于多聚氨基酸的多聚-S-亚硝基硫醇(PGlu-TEPA-SNAP)作为治疗角膜碱烧伤的长效滴眼液。阳离子聚合一氧化氮（NO）供体在带负电荷的角膜表面具有良好的滞留性，且无明显的生物毒性。同时，该聚合物能以温度依赖的方式释放NO，它在4℃和25℃时保持相对稳定，在35℃左右迅速释放NO。体内实验证明，适当浓度的滴眼液可通过瘦素相关的STAT3/MAPK/AKT信号通路，有效减轻小鼠角膜碱烧伤。它利用细胞对NO的敏感性差异，选择性地促进上皮再生而不诱导血管新生。

综上所述，温度依赖性药物释放和载体的强滞留性相结合的策略可以切实加速受损角膜的愈合。这可能为未来以NO或瘦素为基础的眼表治疗工作提供灵感。

影响因子：16.6

作者单位：复旦大学附属中山医院

欧易生物提供：单细胞转录组测序、空间转录组测序

研究内容：

肢端黑色素瘤(AM)是一种罕见的黑色素瘤亚型，其特点是淋巴结(LN)转移的发生率高，是肿瘤扩散和治疗决策的关键因素，然而在AM患者中，LN转移患者和非转移患者的原发黑色素瘤病变的区别尚不清楚。该研究采用单细胞和空间转录组分析来研究早期AM扩散的动态演变。研究结果揭示了AM患者，尤其是LN转移患者中，肿瘤间和肿瘤内的异质性，以及高度免疫抑制的肿瘤微环境和复杂的细胞间通讯网络。值得注意的是，研究者发现MYC+黑色素瘤(MYC+ MEL)和FGFBP2+ NKT细胞与LN转移有很强的相关性。此外，研究者证明淋巴结转移需要MYC+ MEL细胞中MITF基因诱导的脂肪酸氧化(FAO)代谢转变。Etomoxir是一种经临床批准的FAO抑制剂，可有效抑制MITF介导的LN转移。

这个全面的数据集增强了我们对AM中LN转移的理解，并为早期AM扩散管理的潜在治疗靶点提供了见解。

影响因子：15.9

作者单位：中国科学院分子细胞科学卓越创新中心

欧易生物提供：全外显子捕获测序

研究内容：

为了提高前列腺癌患者的临床获益，需要采取患者分层和早期干预的策略。该研究团队发现前列腺中活跃的脱氢表雄酮(DHEA)利用与早期疾病阶段的肿瘤侵袭性相关，并且3βHSD1抑制剂有望用于早期干预。[³H]标记的DHEA消耗在活体新鲜前列腺活检中进行追踪，研究发现活跃的DHEA利用更常见于转移性疾病或治疗抵抗性疾病的患者。为了获得临床可获取的患者分层方法，研究者进一步分析了与前列腺DHEA利用效能相关的遗传和转录组学特征。通过调节3βHSD1的稳态，UBE3D被发现是患者代谢异质性的调节因子。作为一种有效的3βHSD1拮抗剂，Equilin抑制DHEA的利用并抑制肿瘤生长，为侵袭性前列腺癌的早期治疗提供了一种有希望的策略。

总的来说，该研究结果表明活跃的前列腺DHEA利用患者可能受益于3βHSD1抑制剂。

影响因子：15.1

作者单位：同济大学附属第十人民医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

乳腺癌骨转移治疗需要具有更高精度、更高效率的放射治疗。在本研究中，研究团队合成了一种高尔基触发辐射增敏剂，Furin活化的氧化铁纳米粒子（FAIOs），它可以通过靶向肿瘤微环境（TME）和增强免疫反应来抑制乳腺癌骨转移。作为一种多功能的治疗介质，FAIOs能够实现肿瘤特异性MRI及在富集Furin的TMEs中的精确放疗。FAIOs介导的肿瘤细胞凋亡引起的胞葬作用增加具有显著的益处。此外，破骨细胞介导的骨破坏明显减轻。

这些多功能FAIOs为骨转移性乳腺癌的治疗和诊断提供了新的见解。

影响因子：13.8

作者单位：中国农业科学院作物科学研究所

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

芦丁是荞麦中富含的一种黄酮类化合物，对人体健康和植物抗外界胁迫具有重要作用。芦丁水解成槲皮素也是苦荞苦味的基础。为了鉴定芦丁水解基因，研究团队对200个基因型的苦荞种质资源进行了30x覆盖度的重测序。通过结合芦丁代谢的中间代谢物含量和基因组重测序数据进行全基因组关联分析(GWAS)，最终鉴定出一个糖基水解酶基因FtGH1，该基因可以将芦丁水解为槲皮素。该功能在苦荞毛状根过表达和体外酶活性实验中得到验证。两个关键活性位点通过分子对接确定，并通过毛状根过表达和烟叶瞬时表达实验验证。这两个关键活性位点的突变表现出异常的亚细胞定位，表明功能发生了变化。序列分析显示，两个单倍型材料中FtGH1启动子的突变可能是酶活性的必要条件。共表达分析和GWAS显示，FtbHLH165不仅抑制了FtGH1的表达，而且增加了种子长度。

本研究揭示了芦丁代谢的潜在机制，为苦荞类黄酮代谢研究和分子育种提供理论支持。

影响因子：13.3

作者单位：安徽医科大学第一附属医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

环状RNA (circRNAs)是一种特殊的非编码RNA (ncRNA)分子，在许多疾病中起着重要作用。然而，circRNA在糖尿病肾病(DN)中的生物发生和调控在很大程度上是未知的。本研究通过环状RNA测序(circRNA-seq)研究了DN小鼠肾脏中circRNAs的表达谱。DN患者肾活检标本中circ-0000953低表达，与肾功能显著相关。此外，还进行了功能缺失和功能获得实验来证明circ-0000953在DN中的作用。足细胞条件敲入(cKI)或全身过表达circ-0000953可减轻糖尿病小鼠蛋白尿并恢复肾脏大自噬/自噬。然而，circ-0000953敲低加重了蛋白尿和足细胞损伤。在机制上，研究者发现circ-0000953直接与Mir665-3p-Atg4b结合以发挥其功能。在体外和体内，沉默Mir665-3p或过表达Atg4b都能恢复足细胞的自噬。为了研究circ-0000953在DN中下调的原因，生物信息学预测发现circ-0000953序列极有可能含有m6A甲基化位点。此外，METTL3被证明通过YTHDF2调节circ-0000953的表达和甲基化水平。

综上所述，本研究揭示circ-0000953通过靶向DN中的Mir665-3p-Atg4b调控足细胞自噬。因此，circ-0000953是预防和治疗DN的潜在生物标志物。

影响因子：12.8

作者单位：北京协和医院

欧易生物提供：Illumina Human甲基化850K芯片

研究内容：

CAR-T细胞治疗在一些弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者中没有达到预期的疗效。研究者对DLBCL患者外周血样本进行了单细胞RNA和TCR测序以及甲基化芯片分析。达到完全缓解(CR)的患者T细胞水平呈上升趋势，特别是CD8效应T细胞。应答者表现出T细胞克隆扩增、更活跃的T细胞转化和频繁的细胞通讯。CR组高表达基因富集于白细胞介导的细胞毒性和免疫应答激活等功能，而非CR组富集于DNA损伤和p53介导的内在凋亡相关通路。在非CR组的基线中发现了更多的差异甲基化位点(DMP)。GSEA分析显示，DMP注释的基因与T细胞中的细胞免疫功能相关，包括趋化因子的产生、白细胞介导的细胞毒性和细胞杀伤功能。在非CR组中低表达的基因表现出高甲基化状态。在不同临床结局的患者中，T细胞的细胞、分子和表观遗传学特征存在异质性。T细胞的内在缺陷是导致CAR-T治疗效果不佳的重要因素。