转眼间，2024年进度条已过半，在过去的这大半年里，欧易生物时空多组学技术继续在科研领域大放异彩，助力众多科研团队取得了显著成果。今天，让我们一起回顾这大半年来的一些亮点和发表的高质量文章，期望能为您的研究提供一些参考和借鉴！

1、文章发表概况

2024年上半年，欧易生物时空多组学技术助力客户发表了65篇高质量文章，总影响因子达到了惊人的767.9分，平均影响因子12分。这不仅体现了欧易生物在时空多组学技术领域的领先地位和卓越实力，也传达出时空多组学研究领域迅速发展的态势。值得一提的是，其中超过半数的文章影响因子超过10分，时空多组学项目文章累计突破300篇，平均影响因子11+。这无疑是对欧易生物时空多组学技术及其应用的极大认可。

回顾往期时空多组学项目文章，可称之为硕果累累。其中影响因子5-10分项目文章136篇、影响因子10-20分项目文章98篇、影响因子20-30分项目文章16篇、影响因子30+项目文章16篇。值得一提的是，由于欧易的“靠谱”精神，致谢欧易提供帮助文章达到185篇、作者署名文章13篇。（文末时空多组学书籍免费领！）

在时空多组学联合应用中，累计发布项目文章46篇，其中单细胞测序&空间转录组项目文章15篇、空转+空代项目文章5篇、单细胞+空转+空代项目文章3篇。欧易首篇空间转录组&空间代谢组客户文章于2023年发布在Nature Communications、欧易首篇单细胞转录组&空间转录组&空间代谢组文章于2023年发布在Cell Reports Medicine。助力客户发文Cancer Cell、Cell Discovery等杂志，影响因子最高达50.3。

已发表的300多篇项目文章，研究物种方面，从基础医学研究到动植物生长发育研究，从人/小鼠/大鼠到拟南芥/棉花/斑马鱼/家蚕等，遍布生命科学和医学研究领域，累计完成项目2000+和20000+例标本悬液制备和测序，样本类型覆盖400+组织和60+植物样本，项目经验丰富。

已发表的300多篇项目文章，研究领域方面，欧易生物助力客户在医学和农学方向多个领域发力，其中医口方向在肿瘤癌组织、肿瘤微环境、肿瘤免疫、疾病领域研究较为深入；农口方向在动植物生长发育，植物环境胁迫、细胞图谱领域研究较为火热。

发表期刊：Nature Genetics

影响因子：30.8

研究材料：100份未经治疗的ccRCC样本、50份配对的正常邻近组织（normal adjacent tissues，NATs）；

研究方法：WES测序、全转录组测序、蛋白质组、非靶向代谢组学、空间代谢组、空间转录组；（其中空间代谢组、空间转录组、单细胞转录组测序由欧易生物提供技术支持）

肾细胞癌（Renal cell carcinoma，RCC）是全球十大常见恶性肿瘤之一，主要表现为透明细胞肾细胞癌（clear cell RCC，ccRCC）。尽管代谢紊乱是ccRCC的关键特征，但目前研究集中于代谢组分析，并未充分探讨基因组等变化与代谢紊乱之间的关联。因此本研究使用包括空间代谢组、空间转录组等技术深入探讨了ccRCC中肿瘤微环境（tumor microenvironment，TME）变化，揭示了ccRCC去脂质透明细胞分化的广泛恶性进展模式。

本研究使用临床大队列样本进行了多组学检测分析，并利用空间转录组及空间代谢组技术，发现了ccRCC中存在一个特殊的亚型，即去透明细胞分化亚型，具有独特的免疫、代谢特征，揭示了ccRCC进展过程中的调控网络及机制，并提出了一种新型的分子分析诊疗策略，具有较高的临床价值（详情解读点此查看）。

发表期刊：Advanced Materials

影响因子：29.4

发表年月：2024年03月

研究材料：Sham正常对照组、MCAO大脑中动脉闭塞疾病模型组和NRNs药物处理模型；分别收集各组小鼠的大脑用于单细胞测序

研究方法：10x Genomics单细胞转录组测序

缺血性脑卒中发病率高、致死致残率高、复发率高。缺血性中风患者缺血再灌注会引起氧化还原反应失衡，产生大量活性氧(ROS)，ROS积累导致各种氧化损伤，导致胶质细胞活化、炎症细胞浸润、促炎细胞因子产生，最终导致神经元细胞死亡。为了减轻高ROS和炎症引起的持续损伤，及时抑制ROS表达和抑制神经炎症是至关重要的。

研究者们开发了一种新型的纳米药物，它能够响应脑内升高的ROS水平，在缺血性脑组织中释放FTY720。这种纳米药物被中性粒细胞膜包裹后，提高了穿透血脑屏障的能力和靶向性，同时减少了药物在心脏和血液中的滞留，从而降低了心血管毒性和感染风险。作者通过单细胞测序分析（scRNA-seq）发现，中性粒细胞膜包覆的活性氧响应聚芬戈莫德纳米前药（NRNs）可影响小胶质细胞的表型和功能，通过调节小胶质细胞关键基因Cebpb的表达，实现炎症抑制效果（详情解读，点此查看）。

发表期刊：Science Immunology

影响因子：17.6

涉及的欧易生物服务产品：单细胞转录组测序+免疫组库测序

视神经脊髓炎谱系障碍 (neuromyelitis optica spectrum disorder，NMOSD) 是一种中枢神经系统 (central nervous system，CNS) 的自身免疫性炎性脱髓鞘疾病，具有反复发作的病程和严重的后遗症，尽管 NMOSD 的治疗已取得了实质性进展，但仍有一小部分患有难治性和复发性疾病的患者由于当前最先进的疗法不能有效针对CNS免疫失调而反应不佳。

嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞疗法在治疗神经自身免疫性疾病领域已有一些证实其疗效的研究，王伟教授团队所在的医疗中心也正在进行一项针对B细胞成熟抗原(BCMA)的CAR-T细胞疗法的1期临床试验，主要针对复发难治性NMOSD患者进行研究，并在中期分析结果中显示出初步的临床疗效和安全性，但CAR-T细胞在自身免疫疾病中作用的分子机制仍不清楚。

本研究对接受抗BCMA CAR-T细胞治疗的NMOSD患者和年龄、性别匹配的对照组的血液（外周血单核细胞PBMCs）和脑脊液（CSF）样本进行了单细胞多组学分析，结合流式细胞术、ELISA等实验验证，以研究CAR-T细胞在自身免疫性疾病中的体内特性，发现增殖的细胞毒性样CD8+CAR-T细胞克隆是自身免疫的主要效应细胞，而CD8+效应T（TE）细胞的效应特征和随后细胞毒性效应表型的抑制可能是CAR-T细胞在自身免疫反应中的一个独特特征。另外，富含趋化基因程序的抗BCMA CAR-T细胞可能能够穿过血-脑脊液屏障，清除脑脊液中异常升高的浆细胞（PCs），并减轻NMOSD中中枢神经系统的促炎环境（详情解读点此查看）。

发表期刊：Cellular & Molecular Immunology

影响因子：24.1

发表年月：2024年06月

研究材料：收集暴露辐射后第7、14、28、60天的皮肤组织进行scRNA-seq测序、一份取自一位患者手部的辐射皮肤样本进行scRNA-seq测序;辐照后的大鼠肺和皮肤组织以及IRF1-KO小鼠皮肤组织进行RNA-Seq检测

研究方法：10x Genomics单细胞转录组测序

干扰素调节因子1（IRF1）是一种关键的转录因子，既往研究表明，骨髓巨噬细胞中IRF1激活对于调节炎症反应至关重要。但目前尚缺乏针对结构细胞中IRF1激活以响应DNA损伤机制的探究。探索结构细胞感知基因毒性应激进和调节细胞炎症应答的分子机制不仅有助于我们理解细胞如何维持基因稳定性和应对外界压力，也为开发相关病损的新的防治策略提供了科学基础。

IRF1主要表达于皮肤结构细胞（特别是角质基底细胞）而非免疫细胞中；高表达IRF1皮肤结构细胞与免疫细胞间有更强的通讯联系；单次或分割照射均可特异性引起皮肤结构细胞IRF1转录激活，该过程受其核定位序列丝氨酸磷酸化和赖氨酸乙酰化介导的翻译后修饰调控的影响；线粒体单链DNA结合蛋白SSBP1可通过影响STING/P300与IRF1结合抑制IRF1核定位序列翻译后修饰；IRF1激活可促进Caspase1依赖的组织炎症性损伤的进展；研究筛选出两种特异性IRF1抑制剂，不仅可有效减轻受照皮肤组织炎性损伤，也可抑制新冠假病毒感染介导的肺泡上皮细胞IRF1转录激活。

综上，本研究通过多组学方法揭示了IRF1在结构细胞免疫应答中的重要作用及调控机制，为临床相关疾病防治提供了新的干预策略（详情解读点此查看）。

发表期刊：Developmental Cell

影响因子：11.8

研究样本：拟南芥野生型Col-0根尖（n=6），拟南芥fer-4突变根尖（n=6）

涉及的欧易生物服务产品：10×Genomics单细胞转录组测序

在土壤渗透过程中，根细胞必须保持其机械完整性，这是由细胞壁完整性（cell wall integrity，CWI）途径和机械敏感离子通道决定的。花楸受体样激酶1-样(CrRLK1L)蛋白家族成员参与感知CWI并调节根细胞内反应。CrRLK1L的一个成员转导受体激酶FERONIA(FER)参与CWI信号传导。FER被生长或细胞壁损伤诱导的果胶酯化水平信号激活，并被小肽快速碱化因子1 (RALF1)和RALF23激活。FER通过连接外部环境信号和内部细胞活动，作为根生长的调节中枢。基于这些观察结果，作者对FER是否以及如何感知机械刺激来调节根系渗透到土壤中感到好奇。

在本研究中，作者首次证实了拟南芥fer4突变体的根系在坚硬土壤、琼脂固化介质和沙子中存在渗透缺陷。然后，作者进行了单细胞转录组测序分析，结果显示，与野生型根相比，fer-4根细胞表现出明显的聚类特征，特别是根毛和根冠的细胞。通过转录组分析，作者还确定了几种可能受fer调控的转录因子，其中之一是PIF3。生化、成像和遗传学方法的结合证实，FER与PIF3相互作用，磷酸化并稳定PIF3，然后调节其根冠中靶基因的表达，如机械敏感离子通道PIEZO和与细胞脱落相关的基因，从而赋予穿透土壤的能力（详情解读点此查看）。

3、结语

回首这上半年，欧易生物时空多组学技术在科研领域取得了显著的成就。我们期待在下半年，欧易生物能够继续助力更多的科研团队，发表更多高质量的研究成果，推动生物医学和生命科学领域的进步与发展。

我们有理由相信，随着技术的不断进步和应用的不断拓展，时空多组学技术将在更多的领域发挥重要作用，为人类健康和科学研究做出更大的贡献。我们也欢迎来自不同学科领域的专家学者和我们合作，推动时空多组学研究的边界不断扩展。