2024年9月-客户文章合集
多年来,欧易生物深耕于生命科学科研服务行业,致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供靠谱的创新多组学技术服务。欧易生物在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物组学等方向积累了深厚经验,打造了成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止,我们以“硬数据,好服务”的理念,助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。
喜 报
据不完全统计,2024年9月欧易生物已助力152篇客户文章发表在各领域知名期刊上,累计IF高达1007.2分,平均IF达到6.6分。其中包括Molecular Cancer,iMeta,Gut,Bioactive Materials等在内的10分以上文章30篇。此次收录的文章涵盖多个研究方向,如涉及单细胞时空组学方向10篇、转录调控方向81篇、基因组方向3篇、表观方向2篇、微生物方向21篇、酵母文库6篇、蛋白组&代谢组11篇、云平台12篇、多组学联合6篇。
接下来让我们一起回顾一下最新的科研成果!
文章精选
Molecular Cancer | 来自N2极化肿瘤相关中性粒细胞的外泌体miR-4745-5p/3911通过调控SLIT2促进胃癌转移
影响因子:27.7
作者单位:江苏大学、昆山市第一人民医院、南通市肿瘤医院
涉及的欧易生物服务产品:Small RNA测序
研究内容:肿瘤细胞重塑肿瘤微环境( tumor microenvironment,TME )细胞的表型和功能,有利于肿瘤的进展。先前的研究表明,TME中的中性粒细胞在肿瘤衍生因子的作用下极化为N2肿瘤相关中性粒细胞( TANs ),从而促进肿瘤的生长和转移、血管生成、治疗抵抗和免疫抑制。外泌体在包括癌症在内的人类健康和疾病中充当重要的细胞间信使。迄今为止,N2 TANs外泌体在胃癌中的生物学作用尚未得到很好的表征。作者首次报道了N2 TANs外泌体在体外和体内促进胃癌转移。发现N2 TANs的外泌体将miR-4745-5p/3911转移到胃癌细胞,下调SLIT2(狭缝引导配体2)基因的表达。腺病毒介导的SLIT2过表达逆转了N2 tan衍生外泌体对胃癌转移的促进作用。进一步发现胃癌细胞通过外泌体HMGB1(高迁移率组蛋白B1)/NF-κB通路诱导中性粒细胞糖代谢重编程,介导中性粒细胞N2极化和miR-4745-5p/3911上调。总之,该研究结果表明N2 TANs通过外泌体miR-4745-5p/3911调控胃癌细胞中的SLIT2促进癌症转移,这为TME细胞来源的外泌体在胃癌转移中的作用提供了新的认识,并为胃癌诊断提供了潜在的生物标志物。
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iMeta | 肠道真菌群和微生物群之间的相互作用促进肺部炎症
影响因子:23.7
作者单位:华南农业大学
涉及的欧易生物服务产品:微生物多样性测序-ITS
研究内容:肠道菌群是一个复杂的微生物群落,包含细菌、真菌、病毒、古生菌和原生动物,它们中的每一种都对宿主健康的不同方面做出贡献。然而,肠道菌群之间的相互作用对宿主健康的影响仍未被发现。本研究发现肠道真菌和细菌之间的相互作用在感染期间形成了肺部炎症。具体来说,抗真菌药物诱导的肠道菌群失调会在感染期间增强肺部炎症。肠道菌群的生态失调导致肠道大肠杆菌(E.coli)在感染期间过度生长并易位到肺部,从而诱导CD45+F4/80+Ly6G−Ly6C−CD11b+CD11c+巨噬细胞在肺部积聚。巨噬细胞的清除或TLR4(Toll样受体4,识别LPS)而不是Dectin-1(识别真菌上的β-1,3/1,6葡聚糖)的缺失阻断了抗真菌药物引起的感染期间肺部炎症的加重。这些发现表明,肠道菌群和共生菌之间的相互作用通过肠-肺轴影响宿主健康,为改善感染期间的肺部炎症提供了潜在的治疗靶点。
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Gut | 质膜蛋白ADCY7的核易位增强HCC中T细胞介导的抗肿瘤免疫力
影响因子:23
作者单位:上海东方肝胆外科医院
涉及的欧易生物服务产品:代谢组
研究内容:T细胞介导的反应效力是免疫疗法治疗恶性肿瘤效果的决定因素。然而,由于广泛的免疫抑制微环境,T细胞疗法在肝细胞癌(HCC)中的临床疗效受到限制。在这里,研究者旨在研究导致HCC免疫逃逸的关键基因,并提出一种重塑 HCC 微环境的新治疗策略。首先,研究者构建了全基因组体内CRISPR筛选文库,确定了一种新的免疫调节剂 ADCY7。采用单细胞RNA-seq、流式细胞术、HCC小鼠模型、染色质免疫沉淀和免疫共沉淀探讨ADCY7在 HCC 免疫监测中的功能和机制。研究表明跨膜蛋白 ADCY7 通过小窝介导的内吞作用进行亚细胞易位,然后在LRRC59和KPNB1的帮助下易位到细胞核。在细胞核中,它作为 CCAAT/CEBPA的转录辅因子发挥作用,诱导 CCL5 转录,从而增加 CD8 T 细胞浸润以抑制 HCC 进展。此外,ADCY7 可以外泌体形式分泌并进入邻近的肿瘤细胞以促进 CCL5 诱导。总的来说,该研究描述了 ADCY7 的非常规功能和亚细胞位置,强调了它在 HCC 中 T 细胞介导的免疫中的关键作用及其作为有前途的治疗靶点的潜力。
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Bioactive Materials | 3D 生物打印的人源皮肤类器官加速全层皮肤缺损修复
影响因子:18.0
作者单位:上海交通大学医学院附属新华医院、长海医院、上海大学、上海市中冶医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:大面积皮肤缺损的愈合在临床环境中仍然是一个重大挑战。缺乏表皮来源,例如自体皮肤移植,限制了全层皮肤缺损修复并导致过度疤痕形成。皮肤类器官有可能产生完整的皮肤层,支持缺损区域的原位皮肤再生。在这项研究中,由人类角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞创建的皮肤类器官球体显示出一种特定的结构,其基质核心被表面角质形成细胞包围。研究者选择了一种合适的生物墨水,并创新性地将基于挤压的生物打印技术与双光源交联技术相结合,以确保3D生物打印皮肤类器官的整体机械性能。此外,3D生物打印的皮肤类器官经过定制,以匹配伤口部位的大小和形状,便于植入。当应用于免疫缺陷小鼠的全层皮肤缺损时,3D生物打印的人源皮肤类器官通过原位再生、上皮化、血管形成和抑制过度炎症显著加速伤口愈合。皮肤类器官和3D生物打印技术的结合可以克服当前皮肤替代品的局限性,为解决大面积皮肤缺损提供了一种新的治疗策略。
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Bioactive Materials | 胆管树干细胞类器官的激素和化学扩增条件
影响因子:18.0
作者单位:同济大学附属东方医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:胆管树干细胞(BTSCs)位于肝内外胆管树的干细胞龛中,可分化为肝干细胞和胰腺干细胞,参与肝脏和胰腺的再生。研究团队通过转录组图谱分析确认BTSCs扩增的关键信号通路,建立了包含Wnt信号通路激活配体RSPO1的5-DPM培养基体系。相较于二维培养,BTSCs类器官在三维水凝胶体系培养下可以最大限度地减少细胞增殖过程中产生的DNA损伤。研究团队将硫酸乙酰肝素及其蛋白多糖组分(HAHS)添加至透明质酸水凝胶中,成功实现了对Matrigel的替代,并与5-DPM共同构建了BTSC水凝胶扩增体系(BEX)。在该体系下,BTSCs及其类器官实现成千倍的扩增,且扩增后的BTSCs具有肝向分化和救治肝衰竭模型的能力,该研究为推动基于BTSCs移植救治肝衰竭的临床转化应用建立了稳定种子细胞制备体系。
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Bioactive Materials| 具有抗菌和骨免疫调节特性的微环境响应性聚醚醚酮植入物促进骨整合
影响因子:18.0
作者单位:苏州大学附属第一医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:骨内修复体的失败主要归因于植入物松动和感染。目前的主要治疗方式,如抗生素和局部清创术,不仅面临彻底消除顽固粘附细菌的挑战,而且在改善过度的炎症反应和再生受损的种植体周围骨组织方面也遇到困难。聚醚醚酮(PEEK)具有优异的机械和物理化学特性,已被广泛用作医用生物材料。然而,生物惰性PEEK有限的杀菌和骨整合活性限制了其临床应用。在此,通过聚多巴胺(PDA)介导的离子配位和基于胶原蛋白结构-仿生丝素蛋白(SF)的静电纺丝,设计了一种具有固定免疫调节镁离子(Mg2+)和消毒剂氧化铈纳米颗粒(CNP)的微环境响应涂层。通过利用SF的pH响应性,CNP在局部细菌感染引起的酸性环境(pH 5.0)中表现出强大的抗菌作用。由于与PDA的螯合相互作用和SF的约束,Mg2+缓慢释放,通过上调M2表型巨噬细胞来改善局部免疫微环境并促进成骨。生物信息学分析表明,炎症通过NF-κB信号通路受到抑制。总体而言,这种基于SF的涂层最大限度地发挥了CNP和Mg2+的协同作用,为成功植入提供了增强的抗菌和骨免疫调节生物活性。
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Nature communications | VIG1点突变促进水稻生长发育和耐寒性
影响因子:14.7
作者单位:中国科学院遗传与发育生物学研究所
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:稻作直播系统因其成本低、操作方便而被广泛采用,但其应用主要受到秧苗活力低、对冷敏感等因素的制约,最终导致籽粒减产。本文展示了OsbZIP01的两个等位突变体vig1a和vig1b,它们都表现出极大的幼苗活力和抗寒性,但在最终的籽粒产量上存在差异。vig1a表型可以通过同时突变OsbZIP01和OsbZIP18基因,或通过选择性地操纵OsbZIP01的基本区域来获得。破坏vig1a中OsbZIP01的亮氨酸拉链区使vig1a变为vig1b。进一步分析表明,OsbZIP01和OsbZIP18通过相互作用在多种关键生物学程序中协同发挥作用,这些程序决定了幼苗的建立、抗寒性和粮食产量。这些发现为同时提高水稻幼苗活力、抗寒性和籽粒产量提供了策略。
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Advanced Science | 以过氧化钙为基础的水凝胶使过氧化氢双相释放用于感染伤口愈合
影响因子:14.3
作者单位:上海交通大学医学院附属瑞金医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序-原核
研究内容:创面感染是影响创面愈合速度和质量的主要因素。虽然过氧化氢(H2O2)因其抗菌能力和促进伤口愈合而被广泛使用,但其使用需要小心区分剂量。剂量搭配不当会延长感染伤口的愈合时间。本文制备了一种基于过氧化钙的水凝胶(CPO-Alg水凝胶),以实现H2O2的双相逐渐释放,确保了强大的初始抗菌活性,随后持续促进伤口愈合的细胞增殖。水凝胶的设计允许过氧化钙纳米颗粒(CPO NPs)在凝胶框架内的两个空间壁龛中。当应用于感染性伤口时,约束较弱的CPO NPs迅速从凝胶中释放出来,渗透到感染区域,作为抗菌剂,在高浓度下消灭细菌和生物膜。相反,被包裹在凝胶中的CPO NPs在结构上仍然受到限制,因此逐渐降解,并允许H2O2在潮湿的环境中通过水解轻度释放,有助于细胞后期的生长。CPO-Alg水凝胶为慢性伤口的抗菌保护提供了一种创新和实用的解决方案,为促进伤口愈合提供了广阔的前景。
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Advanced Science | 骨调节素诱导肾间质成骨样微环境参与Randall 斑块形成
影响因子:14.3
作者单位:中南大学湘雅医院
涉及的欧易生物服务产品:蛋白质谱鉴定
研究内容:草酸钙(CaOx)肾结石是一种常见的复发性肾结石,缺乏药物预防。Randall 's斑块(RPs)是肾乳头上的钙沉积,是某些CaOx结石的病灶。本研究探讨了成骨样细胞在类似骨化的RP形成中的作用。RP组织中,CaP晶体沉积在肾小管、间质和血管周围。与氯离子电压门控通道Ka阳性的小管上皮细胞、水通道蛋白2阳性的集管细胞和血管内皮细胞相比,人肾间质成纤维细胞(hRIFs)表现出最高的成骨样分化潜能,这与RP组织中主要在hRIFs中上调的成骨标志物相一致。利用RNA-seq,作者发现骨调节蛋白(OMD)在RP组织和成骨诱导后的hRIFs中上调。此外,OMD与RP组织中的CaP晶体和钙囊泡共定位。OMD在体外和体内均能促进hRIFs的成骨样分化。此外,在CaOx肾钙化诱导后,肾间质成纤维细胞中Omd缺失的晶体沉积减弱。机械上,OMD/BMP2/BMPR1A/RUNX2/OMD的正反馈回路驱动hRIFs采取成骨样命运,通过OMD诱导肾间质成骨样微环境参与RP形成。本研究表明OMD上调是RP的病理特征,为预防CaOx结石铺平了道路。
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Advanced Science | NEMO 结合域/IKKγ 抑制肽通过抑制 ASMase 诱导的溶酶体膜通透性来减轻脊髓损伤中的神经元焦亡
影响因子:14.3
作者单位:温州医科大学附属第二医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:一种被称为NEMO结合域(NBD)肽的短肽对核因子κB (NF-κB)具有抑制作用。尽管NBD肽具有抑制炎症反应的作用,但其在脊髓损伤(SCI)中的确切神经保护机制尚不清楚。本研究旨在确定NBD肽在脊髓损伤后的神经保护作用中是否涉及到与热作用有关的方面,利用转录组测序技术,探讨NBD肽在脊髓损伤中的分子机制。功能恢复的评估采用Basso小鼠量表、尼塞尔染色、足迹分析、马森三色染色和HE染色。Western blotting、酶联免疫吸附法和免疫荧光法检测热凋亡、自噬、溶酶体膜渗透(LMP)、酸性鞘磷脂酶(ASMase)和NF-κB/p38-MAPK相关信号通路。NBD肽减轻脊髓损伤小鼠神经胶质瘢痕形成,减少运动神经元死亡,增强功能恢复。此外,NBD肽抑制脊髓损伤后神经元的焦亡,改善LMP诱导的自噬通量紊乱。在机制上,NBD肽通过NF-κB/p38-MAPK/Elk-1/Egr-1信号级联抑制ASMase,从而减轻LMP,进而增强自噬,从而减轻神经元死亡。NBD肽通过抑制ASMase介导的LMP和自噬抑制,抑制脊髓损伤后神经元的焦亡,有助于功能恢复,可能具有潜在的临床应用价值。