11月项目文章集锦 | 累计IF800.7 , 平均IF7.2-欧易生物

2024年11月-客户文章合集

多年来，欧易生物深耕于生命科学科研服务行业，致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供靠谱的创新多组学技术服务。欧易生物在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物组学等方向积累了深厚经验，打造了成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止，我们已助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。

据不完全统计，2024年11月欧易生物助力111篇客户文章发表在各领域知名期刊上，累计IF高达800.7分，平均IF达到7.2分。其中包括Nature，Advanced Composites and Hybrid Materials，Neuro-Oncology，National Science Review等在内的影响因子10分以上文章23篇。此次收录的文章涵盖多个研究方向，如涉及单细胞时空组学方向4篇、转录调控方向50篇、基因组方向4篇、表观方向2篇、微生物方向15篇、酵母文库5篇、蛋白组&代谢组16篇、云平台12篇、多组学联合3篇。

接下来让我们一起回顾一下最新的科研成果！

文章精选

Nature | 释放糖抑制剂使番茄更甜且不影响产量

影响因子：50.5

作者单位：中国农业科学院

涉及的欧易生物服务产品：酵母文库-膜双杂

研究内容：在番茄中，糖含量与消费者偏好高度相关。然而，商业品种的番茄糖含量通常较低，因为它与果实大小呈负相关。在这篇文章中，研究者确定了两个控制果实糖含量的基因，番茄钙依赖性蛋白激酶27（SlCDPK27；也称为SlCPK27）及其同源物SlCDPK26。它们通过磷酸化蔗糖合酶来充当糖制动器，从而促进蔗糖合酶的降解。SlCDPK27和SlCDPK26的敲除使葡萄糖和果糖含量增加高达30%，提高了感知甜度，而不会影响果实重量或产量。虽然突变体中的种子更少、更轻，但它们可以正常发芽。总之，这些发现有助于深入了解控制番茄果糖积累的调控机制，并为在不牺牲果实大小和产量的情况下增加大果品种的糖含量提供机会。

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Advanced Composites and Hybrid Materials | 黄芪多糖通过上调UDPG抑制LIPG，从而抑制HFD喂养小鼠的脂肪生成

影响因子：23.2

作者单位：陕西科技大学

涉及的欧易生物服务产品：转录组测序

研究内容：黄芪多糖(APS)是一种广泛应用于生物医学领域的天然活性物质，可用于制备胶囊壳、纳米涂层材料、医用水凝胶系统和乳化剂。据报道，APS对肥胖症具有有益作用，但其分子机制尚不清楚。为此，研究者应用代谢组学探索APS对肥胖症的有益作用是否源于其对代谢的影响。APS治疗后，HFD小鼠的代谢物谱发生了显著改变。其中，尿苷二磷酸葡萄糖(UDPG)是一种抑制脂肪酸产生的糖代谢中间体，而APS则显著上调该物质的表达。KEGG分析表明，APS处理的HFD小鼠的代谢物明显富集在不饱和脂肪酸生物合成途径中。为了进一步探索APS改变的代谢物是否影响细胞生物学功能，研究者进行了转录组学分析。GO和KEGG分析表明，下调的基因主要富集在脂质代谢中。此外，负责细胞内脂质产生的内皮脂肪酶(LIPG)是被APS显著抑制的基因之一。在游离脂肪酸(FFA)诱导的肝细胞中，APS大大抑制了LIPG水平，糖原合成持续增加，而脂肪生成明显被APS抑制。此外，单独使用UDPG处理也抑制了LIPG的表达和脂肪生成。本文首次披露了APS通过上调UDPG来抑制LIPG，从而抑制HFD喂养小鼠的脂肪生成。这表明APS可作为预防肥胖及其相关代谢疾病的临床和转化候选药物。

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Neuro-Oncology | 胶质瘤-星形胶质细胞连接蛋白43通过激活E2F1/ERCC1轴产生替莫唑胺耐药性

影响因子：16.4

作者单位：中国药科大学

涉及的欧易生物服务产品：蛋白质谱鉴定

研究内容：胶质瘤是中枢神经系统最常见和最致命的肿瘤。使用替莫唑胺(TMZ)治疗会导致不可避免的复发和治疗耐药性，严重限制治疗效果。肿瘤相关星形胶质细胞(TAA)是肿瘤微环境的关键组成部分，越来越多的证据表明，连接蛋白43(Cx43)的异常表达与胶质瘤进展和TMZ耐药性密切相关。然而，Cx43通过胶质瘤和星形胶质细胞相互作用介导TMZ耐药性的具体作用尚未得到充分探索。为此，研究者使用ShRNA药物敲除和Gfap-CreCx43^flox/flox基因小鼠评估Cx43在体外和体内的作用和功能意义。此外，还进行了质谱分析、染色质免疫沉淀和其他生化分析，以确定Cx43促进TMZ耐药性的分子机制。研究者证实TAA和胶质瘤细胞之间Cx43表达的上调导致了TMZ耐药性和肿瘤复发。基因敲除或药理学抑制Cx43增强了TMZ诱导的细胞毒性。从机制上讲，Cx43表达升高会诱导β-catenin在胶质瘤细胞表面积累，抑制TCF/LEF转录，这导致miR-205-5p表达受损，随后激活E2F1/ERCC1轴，最终导致化学耐药性的产生。

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National Science Review | 长期COVID临床相关亚群综合多组学表征

影响因子：16.3

作者单位：复旦大学附属华山医院

涉及的欧易生物服务产品：转录组测序、蛋白质组、代谢组

研究内容：随着 SARS-CoV-2成为区域性流行病，大量患者患有COVID-19急性后遗症(PASC，又称长期COVID)。探索长期COVID亚群的发病机制，尤其是异质性特征对于病因理解至关重要。在这项研究中，研究者通过涵盖转录组学、蛋白质组学和代谢组学的综合多组学分析，发现长期COVID患者表现出整体升高的MAPK通路活性，而从长期COVID中康复的患者表现出该反应的下调。长期COVID异质性可以通过每个亚群的多组学不同特征来描述。多系统(MULTI)症状亚组的特征是甘油磷脂和醚脂质代谢增强，神经系统(NEU)的特征是糖蛋白合成代谢增强，心脑(CACRB)的特征是丙酮酸代谢增加和巨噬细胞极化受抑制，肌肉骨骼+系统(MSK+SYST)的特征是甘油磷脂代谢升高，心肺(CAPM)的特征是NF-κB信号通路受抑制。ABHD17A、CSNK1D、PSME4和SYVN1是一般的长COVID组合生物标志物，而CRH(MUL TI)、FPGT(NEU)、CBX6(CACRB)和RBBP4(CAPM)被选为血清特异性亚组蛋白。该研究为PASC提供了共同和独特的病理生理学解释，为未来的诊断和治疗干预铺平了道路。

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International Journal of Extreme Manufacturing | 具有智能视觉引导系统的模块化支架用于骨组织原位修复

影响因子：16.1

作者单位：杭州电子科技大学

涉及的欧易生物服务产品：云平台

研究内容：在临床实践中，创伤的不规则形状对快速制造个性化支架提出了重大挑战。本研究受乐高积木的启发，提出了模块化支架的新概念，并开发了基于机器视觉的创新系统，实现了针对缺损形状的模块化支架快速智能装配。梯形接口的有效连接基于镁掺杂硅酸钙的标准化骨单元，可以确保模块化支架的高稳定性，抗压强度高达135MPa，弯曲强度高达17MPa。通过自主开发的缺陷识别与重建算法，可自主实现骨支架的缺陷识别和个性化组装方案。模块化支架与周围骨组织无缝结合，促进新骨生长，与全3D打印整体支架在颅骨和股骨修复实验中没有明显差异。综上所述，采用模块化支架不仅融合了个性化和标准化，而且满足了最佳治疗窗口。

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Nature Communications | FNDC4 通过促进雄性小鼠 HIF1α 依赖性心肌细胞存活和血管生成减轻心脏缺血/再灌注损伤

影响因子：14.7

作者单位：武汉大学人民医院、华中科技大学同济医学院附属协和医院

涉及的欧易生物服务产品：转录组测序

研究内容：纤连蛋白III型结构域(FNDC)蛋白在细胞稳态和心脏损伤中起着关键作用，最近的研究结果将FNDC5定义为一种有前途的心脏保护剂，可对抗由阿霉素和衰老引起的心脏损伤。FNDC4与FNDC5具有高度同源性，然而它在心脏缺血/再灌注(I/R)损伤中的作用和机制仍然不清楚。本研究表明，在I/R损伤过程中，心脏和血浆FNDC4水平以缺氧诱导因子1α(HIF1α)依赖的方式升高。心脏特异性FNDC4的过表达与敲除则通过调节HIF1α的蛋白酶体降解抑制雄性小鼠I/R应激心脏中的心肌细胞存活和血管生成。有趣的是，FNDC4并不直接刺激内皮细胞的血管生成，而是通过增加心肌细胞成纤维细胞生长因子1的表达和分泌，以旁分泌的方式增强血管生成。此外，治疗性施用重组FNDC4蛋白足以减轻雄性小鼠的心脏I/R损伤，而不会产生明显的副作用。本研究揭示了FNDC4通过促进HIF1α依赖的心肌细胞存活和血管生成来减轻心脏I/R损伤，并将FNDC4定义为心脏I/R损伤的一个有希望的预测和治疗靶点。

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Nature Communications | 氧化铁纳米颗粒可触发互补的先天和适应性抗白血病免疫

影响因子：14.7

作者单位：吉林大学中日联谊医院

涉及的欧易生物服务产品：蛋白质组

研究内容：纳米材料在免疫治疗中的应用已经取得了长足的进步，但蛋白冠诱导的精确免疫效应仍然难以捉摸。研究者使用商业化的氧化铁纳米粒子(IONP)探索急性髓系白血病(AML)小鼠模型中蛋白冠的形成机制和免疫调节过程。使用巨噬细胞耗竭或补体成分3(C3)敲除小鼠，结果证明羧甲基葡聚糖包被的IONP(IONP-COOH)可减轻白血病负担。从机制上讲，IONP-COOH在激活补体旁路途径后间接与C3b结合，随后增强巨噬细胞的吞噬作用并激活补体冠介导的适应性免疫。而胺化葡聚糖包覆的IONP则直接吸收C3b并激活凝集素途径，导致免疫细胞衰竭。该研究结果表明，IONP-COOH可作为AML治疗的免疫激活剂，为利用表面化学增强免疫疗法开发治疗性纳米材料提供了一种有前途的方法。

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Trends in biotechnology | 用于综合牙周炎治疗的椅旁活生物治疗水凝胶

影响因子：14.3

作者单位：武汉大学

涉及的欧易生物服务产品：转录组测序

研究内容：牙周炎的特征是微生物失调和免疫失调，它会破坏牙齿支持组织并对整体健康产生负面影响。本研究在工程化活体水凝胶中引入了一种活体生物治疗产品(LBP)，用于全面的牙周炎治疗。研究者制造了一种牙科蓝光响应水凝胶(LRG)，用于在牙周袋中输送和限制活体鼠李糖乳杆菌GG(LGG)，使LRG具有持续的抗菌和免疫调节作用。LRG是通过肽修饰设计的，也可以促进组织再生。体外和体内评估均证实了这种综合治疗策略的有效性，该策略将抗菌、抗炎和再生特性与潜在的免疫调节机制相结合，该机制涉及细胞因子信号传导抑制因子(SOCS)3上调和巨噬细胞中的Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK-STAT)通路抑制。这一概念验证展示了一种新范式，强调了在椅旁治疗中活体生物和合成材料工程的协同整合，以解决牙周炎的多方面病因。

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Advanced Science | 芦荟大黄素通过阻断P4HB乳酸化和减轻犬尿氨酸代谢紊乱来减轻辐射引起的心脏病

影响因子：14.3

作者单位：中南大学湘雅医学院附属株洲医院

涉及的欧易生物服务产品：代谢组

研究内容：芦荟大黄素是传统中药单体蒽醌，在心血管疾病中起保护作用。但芦荟大黄素在保护放射性心脏损伤（RIHD）中的调控机制尚不清楚。乳酸化作为一种新型的翻译后修饰，被认为是炎症级联和心脏损伤的关键介质。本文利用差异组学和4D无标记乳酸化组学的交叉，确定蛋白质二硫键异构酶（P4HB）是乳酸化的新靶点，芦荟大黄素抑制乳酸与P4HB的K311位点的结合。芦荟大黄素通过抑制受损线粒体上天冬氨酸转氨酶（GOT2）的积累来稳定犬尿氨酸代谢。从机制上看，芦荟大黄素抑制细胞核内磷酸化糖原合酶激酶3B(p-GSK3B)的转录，从而抑制前列腺素G/H合酶2(PTGS2)与含有SH3结构域的GRB2样蛋白B1(SH3GLB1)的SH3结构域的相互作用，从而破坏线粒体复合物的功能，减少SH3GLB1介导的线粒体ROS积累，最终抑制钙结合和卷曲螺旋结构域蛋白2(NDP52)诱导的线粒体自噬。本研究揭示了芦荟大黄素通过PTGS2/SH3GLB1/NDP52轴在缓解RIHD中的调节作用，表明芦荟大黄素通过P4HB乳酸化稳定GOT2介导的犬尿氨酸代谢。总之，这项研究为芦荟大黄素在心脏损伤中保护作用的调节机制提供了新的见解，并为芦荟大黄素通过调节乳酸化预防RIHD的治疗策略开辟了新的途径。

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Advanced Science | 通过工程外泌体靶向BRIX1诱导核仁应激抑制癌症进展

影响因子：14.3

作者单位：复旦大学

涉及的欧易生物服务产品：转录组测序

研究内容：核糖体生物合成增加与癌症的快速生长相关。靶向阻断核糖体生物合成会诱导核仁应激，从而优先导致恶性细胞的消除。本研究报告称，核仁蛋白BRIX1是核糖体生物合成和p53激活之间稳态的关键调节器。BRIX1通过支持PeBoW复合物的形成来促进前rRNA的加工。此外，BRIX1通过削弱MDM2与核糖体蛋白RPL5和RPL11之间的相互作用来阻止p53在核仁应激反应中的激活，从而引发癌细胞对化疗的耐药性。相反，BRIX1的消耗会诱导核仁应激，进而通过RPL5和RPL11激活p53，从而抑制肿瘤的生长。此外，研究者还开发了工程外泌体，其表面修饰有肿瘤归巢肽iRGD，并装载有针对BRIX1的siRNA，用于治疗癌症。iRGD-Exo-siBRIX1显著抑制了结直肠癌的生长并增强了体内5-FU化疗的疗效。总体而言，该研究揭示了BRIX1作为一种癌蛋白发挥作用，促进rRNA合成并抑制p53活性，也意味着通过工程外泌体靶向抑制BRIX1可以成为一种有效的癌症治疗方法。

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