2024年6月-客户文章合集
多年来,欧易生物深耕于生命科学科研服务行业,致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供靠谱的创新多组学技术服务。欧易生物在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物组学等方向积累了深厚经验,打造了成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止,我们以“硬数据,好服务”的理念,助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。
喜 报
据不完全统计,2024年6月欧易生物已助力106篇客户文章发表在各领域知名期刊上,累计IF高达674.8分,平均IF达到6.4分。其中包括Molecular Cancer,Advanced Materials,cellular & molecular immunology,Advanced Functional Materials等在内的10分以上文章16篇。此次收录的文章涵盖多个研究方向,如涉及单细胞时空组学方向6篇、转录调控方向46篇、基因组方向4篇、微生物方向18篇、酵母文库6篇、蛋白组&代谢组10篇、云平台14篇、多组学联合2篇。
接下来让我们一起回顾一下最新的科研成果!
文章精选

Molecular Cancer | Circ6834 通过破坏 ANHAK 的稳定性和调节 miR-873-5p/TXNIP 轴来抑制非小细胞肺癌进展
影响因子:27.7
作者单位:江苏大学
涉及的欧易生物服务产品:全转录组测序
研究内容:尽管已有研究表明circRNA在癌症进展和转移中发挥重要作用,然而,circRNA在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达谱和生物学作用仍不清楚。本研究中作者通过RNA-seq方法在NSCLC中发现了一个新的circRNA--hsa_circ_0006834(简称circ6834),并在体内外研究了circ6834在NSCLC进展中的生物学作用,结果显示circ6834在NSCLC肿瘤组织和细胞系中下调。Circ6834过表达在体外和体内均能抑制NSCLC细胞的生长和转移,而敲低Circ6834则具有相反作用。此外发现TGF-β处理降低了circ6834的表达,这与NSCLC细胞中QKI的减少有关,并且circ6834可以拮抗TGF-β诱导的NSCLC细胞EMT和转移。从机制上说,circ6834与TGF-β/Smad信号的关键调节因子AHNAK蛋白结合,并通过增强trim25介导的泛素化和降解来抑制其稳定性。此外,circ6834作为miR-873-5p的miRNA海绵,上调TXNIP基因表达,共同使NSCLC细胞中TGF-β/Smad信号通路失活。综上所述,circ6834是一种肿瘤抑制性circRNA,通过与TGF-β/Smad信号通路形成负调控反馈回路来抑制NSCLC的进展,是一种新型NSCLC治疗靶点。
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Advanced Materials | 膜融合介导的治疗性siRNA装载到外泌体用于组织特异性应用
影响因子:27.4
作者单位:上海交通大学、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:肝外组织特异性递送寡核苷酸治疗仍然是核酸药物开发中的一个关键挑战。为解决这个问题,利用外泌体作为一种新型载体已经成为一种有效递送核酸药物的有前途的方法。然而,目前基于外泌体的递送系统在临床应用中仍面临诸多障碍。在此,作者提出了一种通过DNA拉链介导的膜融合方法构建混合外泌体载体(HEV)的策略,用于组织特异性siRNA的递送。在概念验证研究中,作者成功地将包封抗NFKBIZ siRNA的脂质体与角膜上皮细胞(CEC)来源的外泌体融合,形成用于治疗干眼病(DED)的HEV构建体。利用遗传自外泌体的归巢特性,携带siRNA的HEV可以靶向其亲本细胞并高效地将siRNA有效载荷传递到角膜。随后,NFKBIZ基因沉默可显著减少眼表促炎细胞因子分泌,重塑其炎症微环境,最终在DED小鼠模型中获得良好的治疗效果。作为一个多功能平台,此HEV可以使用来自各种细胞类型的外泌体或装载不同类别的核酸疗法进行简单的工程设计;由于外泌体的组织靶向能力和对不同siRNA序列的适应性,HEV构建物可能在各种疾病治疗中具有巨大的前景,标志着核酸药物开发的重大进步。
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Cellular & Molecular immunology | 分子伴侣和 PTM 介导的 IRF1 激活可抑制辐射诱导的细胞死亡和炎症反应
影响因子:21.8
作者单位:四川大学华西第二医院
涉及的欧易生物服务产品:单细胞转录组测序、全转录组测序、ChIP-Seq
研究内容:随着单细胞多组学的出现,结构细胞在免疫调节中的关键作用已经被揭示,但其潜在的机制仍然知之甚少。在这里,作者揭示了干扰素调节因子1 (IRF1)在电离辐射、细胞毒性化学物质和SARS-CoV-2病毒感染下的转录激活决定了结构细胞的命运,并调节结构细胞和免疫细胞之间的通讯。辐射诱导的mtDNA泄漏启动IRF1的核易位,使其能够调节炎症和细胞死亡相关基因的转录。在IRF1的核定位序列(NLS)中发现了新的翻译后修饰(PTM)位点。功能分析显示,NLS中乙酰化位点和磷酸化位点的突变阻断了IRF1的转录激活,减少了电离辐射下细胞的死亡。从机制上讲,单链DNA传感器SSBP1和IRF1之间的相互调节抑制了辐射诱导的和STING/p300介导的IRF1的PTMs。此外,IRF1的敲除或药物抑制可缓解辐射诱导的炎症细胞死亡,辐射缓解剂也可抑制SARS-CoV-2 nsp -10介导的IRF1激活。因此,本文揭示了结构细胞中IRF1激活的一种新的细胞质导向机制,该机制促进了炎症,并强调了IRF1抑制剂对免疫疾病的潜在有效性。
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Advanced Functional Materials | 一种治疗CRKP肺炎的一体化纳米仿生聚乙二胺大分子平台
影响因子:18.5
作者单位:上海交通大学医学院附属新华医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院
涉及的欧易生物服务产品:原核转录组测序
研究内容:多粘菌素B (PMB)通常被认为是治疗耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)的最后一道防线。然而,由于其低脂溶性,其功效受到肺部血液-空气屏障渗透有限的阻碍。为了在抑制肺部过度炎症反应的同时增加上皮内层液中的PMB,研究人员设计并制造了一种新型纳米仿生系统“Siv-PMB@G4@MM”,该系统将PMB和抗炎的Sivelestat (Siv)负载的G4 PAMAM树突包裹在巨噬细胞膜(MM)上。Siv-PMB@G4@MM表现出优异的酸性ph响应释放特性,可以靶向炎症肺组织,大大增加感染部位PMB和Siv的浓度。与游离药物相比,Siv-PMB@G4@MM具有更强的协同抗菌和抗炎活性。此外,由于MM能够隔离脂多糖(LPS)和一些促炎细胞因子,Siv-PMB@G4@MM进一步增强了Siv的抗炎潜能。在lps诱导的急性肺损伤、肺部细菌感染和脓毒症诱导的肺炎小鼠模型中,Siv-PMB@G4@MM显著降低炎症反应和/或细菌负担,减轻中性粒细胞浸润和肺水肿,减少中性粒细胞胞外陷阱(NET)分泌。高度改善的生物相容性和效率的多功能Siv-PMB@G4@MM为临床治疗耐药细菌性肺炎提供了一个有希望的策略。
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Advanced functional materials | 嘌呤基Ir(III)光敏剂用于牙周炎症的有效治疗
影响因子:18.5
作者单位:四川大学华西口腔医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:光动力疗法( PDT )为治疗由细菌引发的传染性疾病牙周炎提供了一种有前途的治疗方法。然而,牙周袋内的缺氧环境对PDT的疗效提出了挑战。在本研究中,利用新型嘌呤基C^N配体开发具有增强活性氧(ROS)生成能力的Ir(III)配合物,用于牙周炎治疗。嘌呤配体极大地增强了Ir(III)的I/II型PDT性能,从而具有强大的杀菌和生物膜消除效果。在大鼠牙周炎模型中,局部应用这些嘌呤基Ir(III)复合物在临床光照下有效地达到抗菌和抗炎作用,同时促进组织修复。这种利用嘌呤基Ir(III)复合物的PDT策略绕过了抗生素和手术干预的需要,成为治疗牙周炎的一种有前途的无创方法。
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Bioactive Materials | L -精氨酸负载多孔PEEK通过巨噬细胞的协调作用促进经皮组织修复
影响因子:18
作者单位:上海交通大学医学院附属同仁医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:感染和组织修复不良是经皮植入术失败的主要原因。然而,由于其对灭菌、软组织愈合和骨整合的高要求,缺乏有效的应对策略。本研究运用了L-精氨酸(L-Arg)负载在磺化聚醚酮(PEEK)表面来解决这个问题。在感染条件下,诱导型一氧化氮合酶(iNOS)催化L-Arg产生一氧化氮(NO)和活性氧(ROS),从而起到杀菌作用。在组织修复状态下,精氨酸酶1 (Arginase-1, Arg-1)催化L-Arg生成鸟氨酸,促进L929和rBMSCs的增殖和胶原分泌。值得注意的是,在感染和组织修复条件下,负载L-Arg的样品可以使巨噬细胞分别极化为M1和M2。体内实验结果表明,L-Arg负载样品能促进感染软组织的封闭和骨再生。综上所述,L-Arg负载磺化PEEK可通过代谢重编程使巨噬细胞极化,具有抗菌、软组织修复、骨再生等多种功能,为经皮植入材料的设计提供了新的思路。
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Advanced science | 靶向Rab7-Rilp介导的微脂肪吞噬减轻糖尿病心肌病的脂质毒性
影响因子:14.3
作者单位:上海交通大学医学院附属第九人民医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:糖尿病性心肌病(DbCM)以舒张功能障碍为特征,并在糖尿病患者中发展为心力衰竭和异常的电生理。2型糖尿病患者的血脂异常可导致心肌细胞内脂滴(LDs)的积累,并产生脂质毒性,这也被认为是导致DbCM的原因。本研究旨在探索可能促进DbCM中LD降解和恢复心功能的潜在途径。首先,LDs 的积累导致 DbCM 心脏中脂质毒性的增加已得到证实。其次,在DbCM心脏中,微脂肪吞噬途径被激活,而不是传统的大脂肪吞噬途径。RNA-Seq数据和Rab7-cko小鼠提示Rab7是微脂肪吞噬途径的主要调节剂,从机制上讲,Rab7在酪氨酸183位点磷酸化,这可以招募与Rab7相互作用的溶酶体蛋白(Rilp)来进行溶酶体对LD的降解。用Rab7激活剂ML-098治疗DbCM小鼠,可提高Rilp水平,挽救观察到的心功能障碍。总之,Rab7-Rilp介导的微脂噬可能是治疗DbCM脂质毒性的一个有希望的靶点。
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Advanced Science | 贻贝源性可生物点击肽模拟物通过协同免疫调节和血管化骨再生促进界面骨整合
影响因子:14.3
作者单位:中国科学技术大学附属第一医院、华中科技大学同济医学院附属协和医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:界面骨整合不足是骨科种植体失败的关键因素。在机理上,传统的骨科植入物界面不能精确匹配体内自然骨再生过程。本研究通过贻贝粘附介导的离子配位和分子点击策略,设计了一种新型的钛基仿生涂层(DPA-Co/GFO)。体内外实验结果都证实了该涂层具有良好的生物相容性,并能有效促进血管生成和骨生成。最重要的是,仿生涂层以整合素α2β1受体为靶点,促进M2巨噬细胞极化,实现免疫调节与血管化骨再生之间的协同作用,从而最大限度地实现界面骨整合。机械推出试验显示,DPA-Co/GFO组的拉出强度明显大于对照组(79.04±3.20 N vs 31.47±1.87 N, P < 0.01),甚至超过假手术组(79.04±3.20 N vs 63.09±8.52 N, P < 0.01)。综上所述,本研究开发的新型仿生涂层精确匹配了体内骨再生的自然过程,增强了界面相关的骨整合,具有相当大的临床转化和应用潜力。
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Biochar | 薇甘菊及其衍生生物炭对鸡粪堆肥过程中重金属生物有效性和铁载体相关基因的影响
影响因子:13.1
作者单位:华南农业大学
涉及的欧易生物服务产品:宏基因组测序
研究内容:在堆肥过程中,生物炭可能会降低重金属(HMs)的流动性和生物利用度。然而,功能性微生物分泌的铁载体可能导致铜和锌等金属的再活化。因此,本研究拟探讨薇甘菊(Mikania micrantha Kunth, MM)及其衍生生物炭(MMB)在堆肥过程中降低Cu和Zn生物有效性以及铁载体相关基因丰度的影响。与MM和玉米秸秆( CS )堆肥相比,MMB和玉米秸秆生物炭( CSB )堆肥中可提取态和可还原态Cu [ ( 2.3 mg kg-1 + 12.1 mg kg-1)和( 3 mg kg-1 + 14.6 mg kg-1)]和Zn [ ( 103.1 mg kg-1 + 110.1 mg kg-1)和( 109.6 mg kg-1 + 117.2 mg kg-1)]显著降低。此外,MMB堆肥中HMs耐药菌的相对丰度最低,尤其是棒状杆菌(0.40%)、假单胞菌(0.46%)和肠杆菌(0.47%)。此外,在MMB堆肥中,倍半萜类和三萜类生物合成丰度显著增加(5.77%),同时伴随着与铁载体运输相关簇丰度降低,并且检测到铁载体跨膜转运活性。多因素分析显示,温度、水分、总有机碳、棒状杆菌和芽孢杆菌是影响Cu和Zn生物利用度的主要因素(-0.90≤r≤0.90,P < 0.05)。结构方程模型表明,理化参数、微生物丰度和铁载体对Cu和Zn的生物利用度有重要影响。因此,MM及其衍生的生物炭被认为是加速Cu和Zn生物有效性降低和管理入侵植物生长和分布的有效方法。
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Biomaterials | 基于多金属氧酸盐自组装钯单原子纳米酶在抑制铁死亡保护新霉素诱导的听力损伤中的应用
影响因子:12.8
作者单位:深圳大学第一附属医院
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序
研究内容:耳聋主要是由毛细胞(HCs)的不可逆损伤引起的,这可能与氧化应激有关,但由于对确切的分子机制的了解有限,缺乏有效的治疗方法。本文模拟天然酶的分子结构,制备了钯(Pd)单原子纳米酶(SAN),该酶具有超氧化物歧化酶和过氧化氢酶活性,可将活性氧(ROS)转化为O2和H2O。研究人员在斑马鱼体内和体外研究了Pd在新霉素诱导的HCs损伤中的作用,结果显示,新霉素处理可诱导HCs凋亡,导致HEI-OC1细胞中ROS大量增加,线粒体膜电位降低,脂质过氧化和铁积累增加,最终导致铁介导的细胞死亡。值得注意的是,Pd - SAN治疗通过抑制铁死亡对斑马鱼的HCs损伤和HCs功能受损具有显著保护作用。此外,铁死亡诱导剂RSL3导致新霉素诱导的损伤明显加重,而增加Pd可减轻这种损伤。该研究表明,抗氧化剂有望抑制铁凋亡和修复HCs中的线粒体功能,酶模拟酶SAN为设计减轻新霉素诱导的耳毒性的药物提供了良好的策略。









