2024年1月
客户文章合集
OEBIOTECH
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多年来,欧易生物深耕于基因测序行业,致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供创新多组学技术服务。欧易生物在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物等方向积累了深厚经验,打造了成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止,我们以“硬数据,好服务”的理念,助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。 据不完全统计,2024年 1 月欧易生物已助力 104 篇客户文章发表在各领域知名期刊上,累计IF高达 913.5 分,平均 IF 达到 8.7 分。其中包括Advanced Materials,Drug Resistance Updates,Advanced Functional Materials,Bioactive Materials等在内的10分以上文章 25 篇。 此次收录的文章涵盖多个研究方向,如涉及单细胞时空组学方向 10 篇、转录调控方向 55 篇、基因组方向 3 篇、微生物方向 13 篇、表观组方向 1 篇、酵母文库 6 篇、蛋白组&代谢组 2 篇、云平台 10 篇、多组学联合 4 篇。 接下来让我们一起回顾一下这些科研成果!
01
Advanced Materials | 靶向软骨细胞的可注射在体FGF18基因编辑和自润滑杂化外泌体微凝胶用于骨关节炎治疗
影响因子:29.4
作者单位:四川大学
欧易生物提供:转录组测序
研究内容:
成纤维细胞生长因子(FGF)信号异常沉默对关节发育不良和骨关节炎(OA)有重要作用。然而,基于FGF18的蛋白药物半衰期短、递送效率低并且需要反复关节注射,阻碍了其临床翻译。该研究报道了一种基于CRISPR/Cas9在体基因编辑的方法,利用可特异性靶向软骨细胞的杂化外泌体(CAP/FGF18-hyEXO)装载FGF18基因编辑工具,有效地在体内基因组层面激活OA软骨细胞的FGF18基因。在此基础上,利用微流控和光聚合技术将其包封于甲基丙烯酸酐修饰的透明质酸(HAMA)可注射性微凝胶中,通过脂质边界效应形成自我更新的水合层,为运动时的关节摩擦提供持久的润滑作用。研究发现,结合体内FGF18基因编辑和持续润滑可协同促进软骨再生、减轻炎症和防止软骨基质降解,具有较大的临床应用潜力。
02
Advanced Materials | 抗炎肽修饰的丝素蛋白/冷冻凝胶混合双纤维支架促进慢性伤口愈合
影响因子:29.4
作者单位:南通大学附属医院
欧易生物提供:转录组测序
研究内容:
由糖尿病、压力、放射治疗等因素引起的慢性伤口对伤口愈合仍然造成重大挑战。为了解决这个问题,本研究引入了一种新型的混合丝素纤维支架(FFS),它由随机排列的丝素纤维和垂直排列的低温凝胶纤维(CF)组成。丝素支架在室温下有效脱胶,同时形成多孔结构。通过控制溶液浓度和冷冻聚合温度,采用定向冷冻干燥的方法制备了垂直排列的CF。将CF掺入扩展的丝素纤维支架中,可增强细胞在体外和体内的浸润,进一步提高了混合支架的组织相容性。同时,抗炎肽1 (AP-1)也偶联到混合纤维支架上,有效地将慢性伤口的炎症状态从促炎转变为促修复。因此,与商业化产品PELNAC相比,FFS-AP1+CF组在增殖期表现出更好的肉芽组织形成、血管生成、胶原沉积和再上皮化。此外,FFS-AP1+CF组的表皮厚度、再生毛囊数量、胶原蛋白密度更接近正常皮肤组织。这些发现强调了随机丝素纤维/垂直低温凝胶纤维混合支架在皮肤组织填充和促组织再生作用上的潜力。
03
Drug Resistance Updates | MAFF通过调节铁死亡和细胞周期阻滞促进肺腺癌对放化疗的敏感性
影响因子:24.3
作者单位:复旦大学附属中山医院
欧易生物提供:单细胞转录组测序、转录组测序、蛋白质谱鉴定
研究内容:
肺癌是癌症死亡的主要原因,肺腺癌(LUAD)占所有肺癌病例的一半以上。而肿瘤治疗主要受到耐药性的阻碍并且LUAD的机制仍有待探索。本研究在细胞和小鼠模型中进行CRISPR筛选和单细胞RNA测序,确定了MAF bZIP转录因子F (MAFF)是LUAD中调节肿瘤生长和治疗耐药的关键因子。随后,研究者通过RNA测序和ChIP测序对MAFF的靶基因表达及其特异性结合位点进行了分析,并通过细胞和异种移植模型研究MAFF在抑制肿瘤生长和促进顺铂或放疗疗效方面的作用。研究结果表明,低表达MAFF的肺腺癌患者临床预后较差。MAFF通过调节SLC7A11、CDK6和CDKN2C的表达抑制肿瘤细胞增殖,促进铁死亡,阻止细胞周期从G1到S的进展。MAFF还使肿瘤细胞对顺铂或放射治疗易感。MAFF表达降低是LUAD细胞获得顺铂耐药的最终事件。放化疗通过cAMP/PKA/CREB1通路促进MAFF表达。总的来说,本研究证明了MAFF抑制肿瘤生长,而靶向MAFF的药物激动剂可能改善肺腺癌患者的顺铂或放射治疗疗效。
04
Advanced Functional Materials | 电子轨道杂交增强的铜纳米催化用于抗感染
影响因子:19
作者单位:中国科学技术大学附属第一医院
欧易生物提供:原核转录组测序
研究内容:
复发性细菌感染、难以穿透的微生物生物膜和无法治愈的抗生素耐药性是骨科植入物相关感染(IAIs)最大的威胁。近年来,化学动力学疗法(CDT)被认为是一种很有前景的治疗方法,但现有的CDT药物在生理环境下的治疗效果较低,限制了临床实践。本研究表明,二氧化硅-铜纳米片(Si@Cu NSs)展示了一种光热-化学动力学联合治疗IAIs的策略,并且具有优越的性能和生物相容性。这种独特的设计通过p-d轨道杂交,将铜纳米团簇(Cu NCs)结合在硅纳米片(Si NSs)基体上,使纳米结构具有增强的铜基芬顿样性能,在体外和体内将Si NSs固有的光热性能与Cu NCs对浮游细菌和生物膜的特异性催化抗感染结合起来。本研究不仅揭示了二维纳米催化生物材料具有良好的生物应用前景,也证明了利用轨道杂交技术构建新型CDT试剂催化处理IAIs的可行性。
05
Bioactive Materials | 纳米佐剂触发的STING激活提供了一种复发性植入物相关感染的全身免疫疗法
影响因子:18.9
作者单位:郑州大学第一附属医院
欧易生物提供:原核转录组测序
研究内容:
复发性植入物相关感染(IRIs)是骨科手术中一种具有破坏性的并发症,威胁着植入物的寿命甚至宿主的生命。生物膜会隐藏细菌相关抗原(BAAs),导致类似“冷肿瘤”的免疫沉默微环境,导致IRIs持续存在。为了解决这一挑战,本研究设计了一种含姜黄素和铂的铁基共价有机框架纳米佐剂(CFCP),通过诱导全身免疫反应来实现对IRIs的有效治疗。具体而言,CFCP的增强声动力疗法(SDT)联合铁离子代谢干扰增加了细菌相关双链DNA (dsDNA)的释放。免疫原性dsDNA通过激活干扰素刺激因子(STING)促进树突状细胞(DC)成熟,并通过干扰素-β(IFN-β)放大中性粒细胞的免疫刺激。同时,增强的BAA呈递引起B细胞和T细胞的体液免疫,形成对重复感染的长期抵抗。总而言之,CFCP可以作为一种对植入物进行持续抗菌保护的新辅助免疫疗法,并有望指导临床IRI治疗和复发预防。
06
Nature Plants| MdBT2通过MdMYB106-MdCER2L1信号通路调控氮介导的苹果角质层蜡质生物合成
影响因子:18
作者单位:山东农业大学
欧易生物提供:酵母文库
研究内容:
角质层蜡质在植物发育和植物与环境的相互作用中起着重要作用。目前在几种植物中已有蜡质生物合成途径研究的报道。蜡的形成与环境条件密切相关,但目前对蜡质与环境因子,尤其是与必需矿物元素之间的调控机制的研究较少。本研究发现,氮素在苹果蜡合成中起负向调控作用。因此,研究者分析了BTB-TAZ结构域蛋白2 (MdBT2)过表达和反义转基因苹果幼苗中的蜡含量、组成和晶体,发现MdBT2可以下调蜡的生物合成。此外,R2R3-MYB转录因子16样蛋白(MdMYB106)与MdBT2相互作用,MdBT2通过26S蛋白酶体途径介导其泛素化和降解。最后,HXXXD型酰基转移酶ECERIFERUM 2-like1 (MdCER2L1)被证实是MdMYB106的下游靶基因。本研究揭示了一个氮介导的苹果蜡生物合成途径,为进一步研究苹果中与蜡调控网络相关的环境因子奠定了基础。
07
Nature Communications| 骨髓源性钙素在雄性小鼠中引发肥胖诱导的胰岛素抵抗和代谢性炎症
影响因子:16.6
作者单位:中南大学湘雅医院
欧易生物提供:单细胞转录组测序
研究内容:
众所周知,骨和脂肪组织之间的相互作用可以协调代谢稳态,但其潜在的机制在很大程度上是未知的。本研究发现GCA + (grancalcin)免疫细胞在骨髓中积累,并在肥胖期间释放大量的GCA进入循环系统。骨髓细胞中Gca基因缺失可减轻肥胖雄性小鼠的代谢功能障碍,而向雄性小鼠注射重组Gca可引起脂肪组织炎症和胰岛素抵抗。在机制上,我们发现GCA与脂肪细胞上的PHB2受体结合,通过PAK1-NFκB信号通路激活脂肪细胞的先天和适应性免疫反应,从而引发炎症免疫细胞的浸润。此外,研究者发现GCA中和抗体可以改善肥胖雄性小鼠的脂肪组织炎症和促进胰岛素敏感性。总之,这些结果确定了骨髓因子GCA启动脂肪组织炎症和胰岛素抵抗的机制,表明GCA可能是治疗代谢性炎症的潜在靶点。
08
Nature Communications | 叶蝉唾液卵黄原蛋白介导病毒向植物韧皮部的传播
影响因子:16.6
作者单位:福建农林大学
欧易生物提供:酵母文库
研究内容:
刺吸昆虫的唾液效应物可抑制植物防御,促进昆虫取食,但其促进植物病毒传播的机制仍不清楚。引起的水稻矮缩病的水稻矮缩病毒(RDV)是第一个被发现由昆虫传播的病毒,叶蝉(Nephotettix cincticeps)通过从唾液腺释放并进入水稻韧皮部的病毒包装外泌体传播RDV。本研究报道了N. cincticeps唾液卵黄原蛋白(NcVg)与N. cincticeps GTP酶Rab5 (NcRab5)相关联,从而从唾液腺中释放。在病毒感染的唾液腺中,病毒利用NcRab5诱导并劫持NcVg共同搭载外泌体,经由唾液释放至水稻韧皮部。被释放的NcVg通过与水稻谷胱甘肽s -转移酶F12(一种催化谷胱甘肽依赖氧化的酶)相互作用,抑制水稻植株释放H2O2,促进昆虫取食。当叶蝉传播病毒时,病毒上调NcVg,从而促进叶蝉取食,增强病毒传播。综上所述,这些发现提供了病毒利用昆虫外泌体传递病毒劫持效应物以进行有效传播的证据。
09
Nature Communications | 水稻叶片微生物组的稳态受到一种木质素生物合成前体分子的调控
影响因子:16.6
作者单位:湖南省农业科学院植物保护研究所
欧易生物提供:微生物多样性测序
研究内容:
在陆地生态系统中,植物叶片为高度多样化的微生物群落提供了最大的生物栖息地,这些微生物群落被称为叶际微生物群。然而,由宿主驱动塑造叶际微生物组的潜在机制尚不明确。本研究对水稻叶际微生物组进行了大规模和深入的评估,旨在确定特定的宿主-微生物联系。全基因组关联研究表明,植物基因型与四种细菌目(假单胞菌目,伯克霍尔德菌目,肠杆菌目和黄单胞菌目)的成员有很强的关联。其中一些关联是特定于一个独特的宿主基因组位点、通路甚至基因。4-羟基肉桂酸(4-HCA)被认为是富集假单胞菌目细菌的主要驱动因子,4-HCA可由宿主植物的OsPAL02从苯丙类生物合成途径合成。OsPAL02基因敲除突变体导致假单胞菌丰度降低,叶际微生物群生态失调,从而使水稻植株对病害的易感性提高。该研究提供了特定植物代谢物与水稻叶际稳态之间的直接联系,为新的育种策略开辟了可能性。
10
International Journal of Surgery | 利用空间转录组测序技术构建三叉神经痛大鼠三叉神经原位组织图谱
影响因子:15.3
作者单位:上海交通大学医学院附属第九人民医院
欧易生物提供:空间转录组测序
研究内容:
三叉神经痛(TN)是颌面部最常见的神经性疾病。虽然有许多假说,但TN的病因和发病机制迄今尚未明确。本研究的目的是研究TN中不同类型细胞之间的相互作用,特别是脱髓鞘对三叉神经节的影响及其内在机制,并发现TN中新的重要靶基因和调控途径。研究者采用三叉神经根压迫法制备TN大鼠模型,分离三叉神经组织进行空间转录组测序。基于生信分析发现,三叉神经节通过多种配体-受体相互作用影响施旺细胞脱髓鞘和再髓鞘反应,而施旺细胞对三叉神经节的影响要弱得多。此外,铁死亡可能与施旺细胞脱髓鞘有关。总的来说,本研究提供了TN的空间转录组测序数据,揭示了新的标记物,重新定义了神经节与髓鞘的关系,为未来的机制研究和药物开发提供了理论基础和数据支持。